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RNAseq和基因芯片相比有的优势
microarry 和
rna
-
seq的
区别
答:
microarry比较便宜,rna-seq相对较贵
;芯片相比于测序,
最大的优势在于对于低表达丰度基因具有较好的检测灵敏度与准确度
,因为探针的排布是有选择的;而测序,即便在建库过程中进行了均一化,所检测到的肯定还是高丰度基因占数据绝大多数;
测序的准确性高,而且能够获得的信息更丰富
。
血浆样本进行
rna
-
seq
需要注意些什么
答:
血浆样本中
RNA的
含量较低,不容易获取,一般BIOG血浆核酸提取方法得率5-15ng/ul*50ul,这个量对于RNA-
seq
可能会稍有点低,可以采用BIOG游离核酸富集方法,相当于浓缩核酸的过程,测序一般至少1ug以上。
转录组数据分析
RNA
-
seq
答:
1.数据质量控制:检查原始测序数据的质量
,去除低质量的读段(reads)。2.序列比对:将质量控制后的读段与参考基因组或转录本数据库比对,以确定它们的位置。3.定量分析:统计每个基因的读段数,通常表达为FPKM(每千个碱基的片段数每百万映射读数)或TPM(每百万转录本的片段数)等标准化指标,以消除...
fpkm和count区别是什么?
答:
2、比较基因的表达丰度
,例如哪个基因在哪个组织里高表达,用TPM做均一化处理。3、不同组间比较,找差异基因,先得到read counts,然后用DESeq2或edgeR,做均一化和差异基因筛选;如果对比某个基因的KO组和对照,推荐DESeq2。
lnc
rna的
表达量一般有多高
答:
生物体内含量相相当丰富,约占
RNA的
4-9%(mRNA约占1-2%)。LncRNA的组织特异性及特定的细胞定位,显示lncRNA受到高度严谨的调控,目前已知其与发育、干细胞维持、癌症及一些疾病相关。虽然近年来随着
基因芯片及
第二代高通量测序技术的广泛运用,lncRNA不断被发现,但此类转录本的确切功能还未知。目前市场...
转录组基础--什么是
RNA
-
seq
答:
目录 1. Microarray: 芯片数据 2. NGS (Next Generation Sequencing) 3.
RNA
-
Seq的
应用 原理:基于分子杂交技术,主要是依靠印刷有荧光标记探针的
基因芯片
来实现。 比如说基因组芯片,它高密度的集成了分辨率高达几bp~100bp的探针,通过与样品杂交荧光显色的办法来刻画转录组的信息。直接对cDNA...
病原微生物中细菌常见检测方法有哪些
答:
1、快速测试片技术法 快速测试片是指以纸片、纸膜、胶片等作为培养基载体,将特定的培养基和显色物质附着在上面,通过微生物在上面的生长、显色来测定食品中微生物的方法。细菌总数检测纸片的研制始于 20 世纪 80 年代,其主要
优点
是简便、实用、经济、操作性强。近年来以滤纸和美国某公司的 Petrifilm ...
基因芯片
介绍
答:
在软件的海洋中,Limma,这位全能冠军,驾驭着多因素实验的复杂性;DE
Seq
2/EdgeR,则专长于处理
RNA
-Seq/ChIP-Seq等高通量数据;GFOLD则如猛兽出笼,无惧重复数据的挑战。数据分析的后续阶段,GO基因本体论功能分析和EASE基因功能网络分析如同解码
基因的
密码,揭示其在生物学中的角色。GCBI平台,以Gene-...
生物信息学主要处理和分析哪些高通量数据类型
答:
高通量数据类型主要包括
基因芯片和基因
测序,我估计你想知道的是具体的内容。具体的内容其实是指的高通量测序技术的应用,例如microarray,
RNA
-
Seq
,Exome-Seq,Target-Seq,Whole-genome-sequencing,宏基因组,16S RNA,microRNA,lncRNA测序等。研究的问题就更五花八门了,像现在精准医疗的概念很火,主要...
为什么说:“
基因芯片
无法获得不同基因相对表达丰度的信息”?
答:
因为
基因芯片
通过核苷酸互补后 区域的荧光强度确定基因的含量,但是不能知道tRNA丰度
与基因
表达的关系,所以~~~
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