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blast如何比对两个序列
如何
在进行基因
序列比对
答:
1、搜索找到NCBI方网站。2、找到BLAST选项并点击进入。3、在“Basic Blast”内找到核酸blast并点击进入。4、在输入查询的对话框中打入目标序列
, 勾选“Align two or more sequences”,可以输入两个以及三个以上的序列选项进行对比。5、把两段或者两段序列输入后,点击Blast进行比对,几秒钟后查看结果。
您好,看到您对“
如何
用
blast比对两个
蛋白质
序列
,看它们之间有多高的...
答:
序列比对
结果有一个identify 参数,identify 参数有一个是数值结果,有一个是百分数的结果。是否具有同源性以identify 参数的百分数结果为准,如果达到40%或者以上就叫做有同源性,中文就叫说序列相似性达到40%则认为
两条序列
就有同源性。在NCBI上有一个
BLAST
的文档,不过比较难理解,如果你兴趣十分浓厚的话...
序列比对
答:
本地运行BLAST则需安装makeblastdb.exe,进行数据库索引。
多序列比对方面,ClustalX是一个经典的选择,通过载入FASTA格式的序列,进行完整的比对
,输出结果通常为.dnd指导树文件和.aln序列比对文件。在处理FASTA格式时,注意文件的第一行是注释,第二行是纯序列,后续行是其他序列。序列加载后,选择适当的...
如何
在NCBI中进行基因
序列比对
,比如小鼠p53基因与人类p53基因的比对
答:
首先找到小鼠和人类p53基因的序列,然后进ncbi首页,里面靠右的位置popular resources下第一个选项“
blast
”,打开以后,找“nucleotide blast”。进到那个页面有个框就是让你输序列的,如果要
比对两个序列
的话,要勾选下面的一个小的单选框“Align two or more sequences ”。就会出现两个框,分别输入人和小鼠的序列。点...
如何
进行
BLAST比对
?
答:
根据需要选一个(见下面),点击进入就行了。如果你是要确定是哪种菌,就近第一个
Blast
n。
序列
粘贴或者导入,其中Choose Search Set中的Database你要选Others (nr etc.)。然后点击Blast就行了。如果同源性有99.99%以上的就说明是那个物种里的。Blastn 核酸序列搜索逐一核酸数据库中的序列 Blastp ...
怎样
进行
序列
同源性
比对
答:
进行序列同源性比对的方法如下:1. 获取待
比对序列
。这可以是基因序列、蛋白质序列或其他生物信息学中的序列数据。
2
. 选择合适的比对工具。常用的
序列比对
工具有
BLAST
、Bowtie、BWA等,根据研究目的和序列类型选择合适的工具。3. 进行序列比对。将待比对序列输入所选工具,设置合适的参数,运行比对程序。4...
序列比对
与
blast
答:
1、Global alignments 全局比对:尽可能保证
两条序列
的碱基都能配对,因此会有比较多的错配和gap,但是不会对序列两端对gap进行罚分。2、Local alignments 局部比对:尽可能的找到能最优匹配对子区域。3、多
序列比对
:常用的软件为: mafft, muscle, clusta-omega, t-coffee等,是全局比对。4、
BLAST
(...
如何
运用
BLAST
进行
序列比对
,检验引物特异性
答:
如何
运用
BLAST
进行
序列比对
、检验引物特异性_医检验引物特异性 序列比对,绝大多数战友都会想到 BLAST,但 BLAST 的使用
blast
+命令求助
答:
blast的运行分为
两个
步骤:第一,建立目标
序列
的数据库;第二,做
blast比对
。1、运行建库程序formatdb:建库的工程是建立目标序列的索引文件,所以程序是formatdb。程序允许的输入格式是FASTA或者ASN.1格式,通常我们使用的FASTA格式的序列作为输入。用于建库的FAST序列是db.seq, formatdb的基本命令是:formatdb...
怎样
用 NCBI/
blast
做蛋白质同源性分析 详细点
答:
将需要比对的蛋白质
序列
选中,在
BLAST
界面Enter Query Sequence下面的大框中输入,如果是和数据库所有的蛋白质序列进行比对,再下面的Choose Search Set中选择需要比对的数据库。Program Selection中的比对可根据个人需要进行选择。如果进行
两两比对
,或者多个序列的比对,在Enter Query Sequence框中选中Align ...
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