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蛋白fasta序列
怎么用用discovery studio模建
蛋白
三维结构
答:
首先,确保电脑上已经成功安装Discovery Studio2.5软件(下面简称DS2.5),我有一篇经验写怎么安装DS。DS界面如下,主要是用左侧第三栏的protocol协议 首先,打开待模建的序列,DS对文本格式要求较高,
fasta
文件要求首行>蛋白名,下面另起一行是
蛋白序列
, 打开待测序列文件, 接下来,先做序列比对,...
如何在Genbank上查找某一生物表达特定
蛋白
的一段基因
序列
?
答:
直接在NCBI主页输入你要找的基因的名字,比如S1PR1,然后搜索,找到下面的内容:Genes 90Gene: collected information about gene loci 1HomoloGene: homologous gene sets for selected organisms 12UniGene: clusters of expressed transcripts 点90进去,里面是NCBI上这个基因在不同物种中的所有
序列
,找到是...
blast结果如何分析
答:
在相似
序列
的清单中的Highscore是这一相似序列中最相似的区域之得分,这是一个与
FastA
非常不同之处。在FastA中,会插入空隙以连接数个相似区(对角线),因此在最後会列出「一个」最相似的区域。Blast并不试图连接各相似的片段,换言之它不允许空隙的存在,所以它会计算每一个相似区的得分,并将此序列...
blast结果如何分析
答:
在相似
序列
的清單中的Highscore是這一相似序列中最相似的區域之得分,這是一個與
FastA
非常不同之處。在FastA中,會插入空隙以連接數個相似區(對角線),因此在最後會列出「一個」最相似的區域。Blast並不試圖連接各相似的片段,換言之它不允許空隙的存在,所以它會計算每一個相似區的得分,並將此序列...
phyml软件怎么使用
答:
然后得到这些同源物的
序列
,做成
FASTA
格式的文件。一般通过NJ构建进化树,并且进行Bootstrap分析所得到的结果已足够。如果序列近缘,可以再使用MP构建进化树,进行比较。如果序列较远源,则可以做ML树比较。使用两种方法得到的树,如果差别不大,并且Bootstrap总体较高,则得到的进化树较为可靠。基因/
蛋白
家族分类。这方面...
常用的查询
蛋白质
结构以及
序列
的数据库主要有哪些?
答:
每季度都发行一次完整的数据库,每周可以得到更新部分。PSD数据库有几个辅助数据库,如基于超家族的非冗余库等。PIR提供三类
序列
搜索服务:基于文本的交互式检索;标准的序列相似性搜索,包括BLAST、
FASTA
等;结合序列相似性、注释信息和
蛋白质
家族信息的高级搜索,包括按注释分类的相似性搜索、结构域搜索Gene...
进化树构建需要哪些工具
答:
然后得到这些同源物的
序列
,做成
FASTA
格式的文件。一般通过NJ构建进化树,并且进行Bootstrap分析所得到的结果已足够。如果序列近缘,可以再使用MP构建进化树,进行比较。如果序列较远源,则可以做ML树比较。使用两种方法得到的树,如果差别不大,并且Bootstrap总体较高,则得到的进化树较为可靠。基因/
蛋白
家族分类。这方面...
FASTA
中查的rs126
蛋白质
样本集中Chain 1G7R:A,X代表什么意思?
答:
未知氨基酸 用Xaa表示 一个字母的话则是X。我估计就是这个。百度屏蔽了 我就直接贴了 Ambiguous Amino Acids 3-Letter 1-Letter Asparagine or aspartic acid Asx B Glutamine or glutamic acid Glx Z Leucine or Isoleucine Xle J Unspecified or unknown amino acid X...
同一植物
蛋白序列
进化树 结果怎么看
答:
而后者我认为更强大些,还可以进行进化树分析.把你所有从NCBI上找到的CDS导入到软件中(一般做同源分析都是用
蛋白质序列
).然后用软件进行比对就可以了,结果可以输出为多种形式,比如
fasta
或者其它格式,软件用法我这里也不多讲了,必须看专用的手册.如果还有不明白就发信息给我 ...
蛋白质
磷酸化位点预测工具GPS 2.0怎么用
答:
在左侧激酶家族树中选择激酶种类,把需要预测的
蛋白质序列
填到输入框中点submit即可,如果一次输入多条序列需要使用
FASTA
格式。软件安装包中有用户手册。
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