中国高考中本科层次按录取批次划分为三个批次，一本为第一批次、二本为第二批次、三本为第三批次，每年三本线因考生总成绩而有所不同。
三本院校包括：1、多数独立学院（公、民合办，民企出资，属于民办范畴） ；2、部分民办高校；3、少数本科高校的中外合作办学专业（属于民办范畴）。注：经教育部批准，有少数公立独立学院全部或部分专业可在本科第二批及以上招生，如浙江大学城市学院、浙江大学宁波理工学院、南开大学滨海学院、南京大学金陵学院，厦门大学嘉庚学院、集美大学诚毅学院、东南大学成贤学院，北京师范大学珠海分校，北京理工大学珠海学院、吉林大学珠海学院、西安建筑科技大学华清学院等。
国家鼓励转设，或并入母体。截止到2015年，教育部先后受理了52所独立学院转设申请，批准设立了51所民办本科院校(有两所合并)，占全国独立学院总数(含已转设)的15.9%。另外，9月教育部高校设置评议委员会对8所独立学院进行了转设评估。独立学院转设比例之所以偏低，是因为地方教育主管部门、公办高校、社会力量投资方、独立学院等利益主体均站在不同的角度，持有不同的态度。公办高校不愿意放弃管理费收益，投资方企业不愿意失去公办高校金字招牌，保证教学质量，可以招来更多学生；而政府部门担心转设有改革风险，转设造成国有资产流失，影响公共财政支出。转设的利益纠葛十分复杂。而更让独立学院发展受打击的是由于学位门从2012级毕业生开始不授母体学位，这个对未来独立学院的发展产生的极其不利的影响，给投资办学的投资方带来了巨大风险和不确定性，教育部应在2016年年内尽快出台文件规定独立学院转设和并入母体的最后期限。
而转设后的普通民办高校日子也不好过，安徽文达信息工程学院资金链断裂，濒临倒闭，相关部门紧急派驻工作组进入；哈尔滨广厦学院在历经6次转让后引发了新投资方抢财务印章风波，董事会与校行政班子剑拔弩张。天津医科大学临床医学院和投资方闹上法庭。教育资产的私有化带来的乱象已经初见端倪，转设后的普通民办高校成了赚钱的工具，这也是其他独立学院不敢轻举妄动转设的重要原因，在中国教育改革的大背景下，独立学院一直在改革，而现在独立学院再也折腾不起了，10年的人口红利已过，很多应该并入母体。有的办的很好的都是公立的，为了达到标准硬是要出卖股份给一个民间的投资者，硬拉一个民间投资者，造成了很多严重的问题。尤其是公办高校自己举办的和政府举办、国有企业举办的独立学院应尽快并入母体，防止国有资产流失，还普通民办高校以真正的公平竞争环境，也有利于母体高校的发展。而对于民间资本为主的高校由主办校与企业商量转设为普通民办高校，或者并入母体。
教育部规定的5年独立学院申请考察验收期到2013年3月31日期满，到2016年全国315所独立学院中只有20%转设为独立设置的普通民办本科高校，鉴于这种现实情况，教育部2013年5月又把独立学院规范验收的最后期限延迟到2016年4月1日，并要求292所独立学院在“十二五”期间的每年第四季度，接受教育部以及省级教育行政部门的“大考”，即基本符合要求、拟停办与暂缓验收或者并入母体。这一系列令人瞩目数字的背后，存在着政府对高等教育经费投入不足的严重问题。
为规范与引导独立学院的改革发展，教育部在2008年颁布了《独立学院设置与管理办法》（以下简称“教育部26号令”），自2008年4月1日起施行。教育部在独立学院规范验收政策要点中明确提出，对普通高校独自举办、普通高校与政府合作、普通高校与中国大陆境外注册的公司合作举办的独立学院不同意验收，而恰恰是这些独立学院都是办的特别突出的独立学院与分校，因为是本部的独立二级学院所以他们的生命力极强，但是一提起独立学院举办校都感觉很丢人，不愿对外界过多提起，从某种意义上说不授本部学位是个败笔。
独立学院具有“校园独立、招生独立、财务独立，部分师资力量与教学设施等与校本部共享”等特点 ，一般学费较高。考生在修完大学四年课程，在独立学院顺利毕业之后，可以取得“本科毕业证书”和“学士学位证书”等两个证书，毕业证和学位证都是独立学院的证书，并以独立学院名称具印。从全国范围看，独立学院自1999年6月诞生，是指普通本科高校依据相关规定，是为了贯彻落实教育部八号文件精神，按照新的机制和模式举办的本科层次的二级学院。独立学院的产生，主要有以下几种方式：国办院校结合企业资本联合举办、民办大学挂靠改制和国办大学独立兴建这三种方式。
独立性：独立学院有独立的校园和基本办学设施，实施相对独立的教学组织和管理，独立进行招生，独立颁发学历证书，独立进行财务核算，应具有独立法人资格，能独立承担民事责任。独立学院是高等教育的重要补充，它区别于民办高校，是另一种形式的办学，独具中国特色。
