第五章 附则规定了特殊情况下科学技术奖励的实施细节。
根据国防和国家安全的需要，国务院相关部门有权设立部级科学技术奖，具体实施办法由这些部门自行制定，并需向国务院科学技术行政部门进行备案，以确保程序的合法性和合理性。
省级人民政府同样有权设立一项省级科学技术奖，其详细规定和操作方式由省级政府自行规定，同样需要向国务院科学技术行政部门进行备案，以便于全国范围内的统一管理和监督。
本条例自公布之日起开始执行，同时废止了1993年6月28日国务院发布的《中华人民共和国自然科学奖励条例》、《中华人民共和国发明奖励条例》和《中华人民共和国科学技术进步奖励条例》等相关旧规，以确保奖励制度的最新性和有效性。
《国家科学技术奖励条例》于1999年5月23日中华人民共和国国务院令第265号发布。根据2003年12月20日《国务院关于修改的决定》修订后，国务院令第396号重新发布，自公布之日起施行。《条例》分总则、国家科学技术奖的设置、国家科学技术奖的评审和授予、罚则、附则5章26条。该《条例》发布后，1993年6月28日国务院修订发布的《中华人民共和国自然科学奖励条例》、《中华人民共和国发明奖励条例》和《中华人民共和国科学技术进步奖励条例》同时废止。