复旦大学图书馆医科图书馆是一个设施完备的学术资源中心，分布在不同楼层，以满足各类读者的需求。
一楼的图书借阅厅（中楼）在周一至周五开放时间为8:00至17:00，周日则为9:00至16:00，提供图书借还、办证、离校手续办理以及咨询服务，同时设有爱心书屋供赠书和还书。音带翻录服务在每周二、四进行。
二楼的医科图书馆中文书刊阅览室全天开放至22:00，收藏了800余种中文科技现刊和近1,200种1998年以来的过刊，以及新出的中文书籍。研究生学位论文自2002年起也在此收藏，读者需押证登记后阅读，还配备有6台计算机和自助复印机，以及77个阅览座位。
三楼的外文科技书刊阅览室同样全天开放，有近500种外文现刊和1,000余种过刊，以及生物医学专业的哈佛教材。这里有检索数据库的计算机和打印设施，以及一台自助复印机和99个座位。
南楼的综合阅览室收藏了1.6万余册中文图书、200余种综合类现刊和40余种中外文报纸，提供155个座位供读者使用。
四楼的电子阅览室在周一至周五部分时间开放，拥有183台电脑，便于检索校园网资源及互联网浏览，还用于教学实习。参考咨询部提供文献查收、咨询和培训服务，周一至周五工作时间内开放。
社科书籍收藏在北楼三楼，中文社科图书共计3.75万册，供读者借阅和阅览。科技图书则分布在四、五楼，中文科技藏书达14.8万册。外文书库收藏西文科技图书6.52万册，以及日、俄文旧书4500册。
过刊库分布在北楼八至十一楼，中、日、俄文过刊合订本丰富，西文过刊合订本达2,500余种，均提供阅览，不外借。检索工具库则收藏部分西文过刊和65种检索工具书，同样限于阅览。
最后，北楼一楼的自修室全天候开放，为读者提供143个座位进行学习。
复旦大学图书馆前身为戊午阅览室，1922年正式建馆。现由文科馆、理科馆、医科馆、张江馆、江湾馆组成，馆舍面积55，933平方米。至2007年底，馆藏文献480万册（包括图书和期刊合订本），其中线装古籍近40万册（包括善本6万册），民国时期图书10万册。 年订购中西文纸本期刊7000余种，订购电子图书126万册，中西文全文电子期刊2.9万余种，各类数据库253种。