根据上述职责，市国土资源局设12个职能处室（分局）。
（一）办公室
负责综合协调局机关政务工作、文秘工作、行政事务管理工作和机要保密工作；负责局重要事项督查工作；负责重要综合性文稿的起草和审核；负责局机关并指导本系统政务信息、新闻宣传工作；负责承办各类会议和接待工作；负责局机关并指导本系统档案管理工作；负责局机关后勤保障、安全保卫工作；负责局机关各类物资的采购和固定资产的管理工作；承担全市国土资源管理的综合统计工作。
（二）计划财务处
编报并落实年度财务计划，组织实施有关财务会计制度；负责市级国土资源非税收入的征收管理工作；对全市土地、矿产资源非税收入的征收进行指导和监督；负责市级国土资源工作经费和专项资金的财务管理工作；承担局机关财务管理工作，负责对直属事业单位的财务进行管理与监督审计。
（三）规划与地籍管理处（挂国土资源信息处牌子）
组织编制和实施全市国土规划、土地利用总体规划、土地利用年度计划和基本农田保护规划、土地开发规划、土地整理规划、土地复垦规划等专项规划；参与城乡建设规划的审核；指导、审核县（市、黄岩区）、乡（镇）土地利用总体规划；承担农地转用规划审核。制定全市地籍管理规定、地籍管理技术规范和权属管理办法，承担土地确权登记发证、使用权出让、转让、出租、抵押、作价入股、终止等权属管理，承担土地权属纠纷调处；组织全市土地资源现状调查、地籍权属调查、变更调查及统计。编制市国土资源信息化建设工作规划、计划、工作规范、技术标准，指导全市国土资源信息化建设。
（四）耕地保护处
组织实施耕地特殊保护、耕地开垦、农地保护、土地整理、未利用土地开发、土地复垦等工作；指导土地用途管制，组织实施基本农田保护和农地转用报批，承担补充耕地方案、土地征（使）用方案的审核和管理工作；承办与农地转用或征用（收）同时上报的土地供应方案的审查报批工作；承担供地方案的审核。
（五）土地利用处（挂行政审批处牌子）
开展国土资源形势分析，组织开展国土资源管理政策研究和重大课题调研，制定土地利用相关政策；组织编制市区年度国有建设用地使用权供应计划；承担市区基准地价、标定地价评测与更新工作；参与土地评估价格确认和土地等级评定验收工作；承担企业改制土地资产的管理及处置工作；对乡（镇）村用地管理、农村集体非农建设用地使用权流转与土地资产、土地市场进行监督管理；对全市土地利用业务和建设用地批后监管工作进行监督指导。
承担法律法规赋予市国土资源部门行政许可事项的审核审批;承担部分非行政许可审批事项的核准、备案；负责因法律法规而增加的行政审批职能。
（六）矿产资源管理处
组织编制和实施矿产资源总体规划及专项规划，指导、审核县（市）矿产资源规划；依法管理采矿权审批登记发证和探矿权审核工作，负责采矿权总量控制；承担保护性开采的特定矿种、优势矿产的开采总量控制及相关管理工作；负责采矿权市场的监督管理；负责全市矿产资源补偿费的征收管理；依法征收矿业权使用费、价款和出让所得；组织调处矿业权权属争议、纠纷；组织指导全市矿山自然生态环境保护与治理工作；组织全市矿产资源开发利用的统计年报工作。负责全市矿产资源勘查、开发和储量管理工作。监督管理矿业权人勘查、开采活动。组织全市矿产资源储量的登记、统计工作；负责压覆矿产资源、矿山储量动态和全市矿产资源保护与开发利用的监督管理；承担全市地质资料的统一汇交、保护和开发利用工作。
组织编制和实施全市地质灾害防治规划及年度地质灾害防治方案；制定并组织实施较大地质灾害等国土资源突发事件应急预案；组织协调和指导监督地质灾害防治工作；依法监管地质灾害危险性评估和地质灾害工程治理活动；指导矿山地质环境保护工作；负责古生物化石、地质遗迹、矿业遗迹等资源保护的监督管理；负责矿泉水和地热资源勘查评价与开发利用的监督管理；组织监测、监督防止地下水过量开采引起的地面沉降和地下水污染造成的地质环境破坏。
（七）执法监察局
承担全市国土资源执法监察工作；监督检查全市各级国土资源主管部门行政执法情况；组织开展全市土地矿产执法检查工作；承担对县（市、区）政府土地管理责任追究的调查、审核；拟订国土资源执法监督和违法案件查处的有关规定；依法承办重大国土资源违法案件查处工作；承办对非法占用耕地造成种植条件严重毁坏的认定工作。
监督检查国土资源法律、法规、规章的实施，指导国土资源部门依法行政；组织开展国土资源政策调研，提出有关政策建议；负责有关国土资源规范性文件的起草、协调工作，负责机关规范性文件的合法性审核；负责行政应诉，办理依法受理的行政复议案件等有关工作；组织开展国土资源法制宣传教育与普法工作；负责有关国土资源法律的咨询。
负责对行政许可及信访事项的合法性审查；承办市政府交办的征地补偿安置争议协调裁决案件及相关事项；组织并指导县(市、区)国土资源管理部门开展征地补偿安置争议协调裁决工作。
（八）人事处
负责局机关及直属事业单位的机构编制、组织人事、劳动工资、离退休人员管理工作；组织实施国土资源人才工作，指导国土资源管理队伍建设；负责国土资源管理干部教育培训工作；负责专业技术人员技术职称评聘工作；负责县（市）局领导班子的配备、考核等工作。
（九）监察室
监督检查驻在部门党政领导班子及其成员维护党的政治纪律，贯彻执行民主集中制，选拔任用干部，贯彻落实党风廉政建设责任制和廉政勤政的情况；经批准，初步核实驻在部门党政领导班子及其成员违反党纪政纪的问题；参与调查驻在部门党政领导班子及其成员违反党纪政纪的案件；参与调查驻在部门的科级干部及所属单位负责人违反党纪政纪的案件及其他重要案件；协助驻在部门党政领导班子组织协调驻在部门及所属系统的党风廉政建设和反腐败工作；受理对驻在部门及所属系统党的组织、党员和行政监察对象违反党纪政纪行为的检举、控告，受理驻在部门及所属系统党的组织、党员和行政监察对象不服党纪政纪处分决定的申诉和依法应由纪检监察机关受理的申诉；组织开展党风廉政建设宣传，加强行风建设、机关效能建设、惩治与预防腐败体系工作，督促政务公开工作，加强重点工作的监管工作；承办省纪委驻国土资源厅纪检组、监察室和市纪委、市监察局交办的其他事项。
（十）台州市国土资源局椒江分局
椒江分局为台州市国土资源局的派出机构。
（十一）台州市国土资源局路桥分局
路桥分局为台州市国土资源局的派出机构。
（十二）台州市国土资源局集聚区分局
集聚区分局为台州市国土资源局的派出机构。
