邹元标从小聪颖好学,9岁即学习儒家经书。
20岁时跟随嘉靖进士胡直出游,遍历名山大川,拜访了诸多书院,饱闻各家学说,深受影响。
万历三年(1575年)在都匀卫所(后改名南臬书院)讲学。
万历五年(1577年),邹元标考中进士,入刑部观察政务。与伍惟忠友好,为人敢言,勇于抨击时弊。 万历五年(1577年)九月二十六日,张居正父亲病死,首辅张居正居丧不丁忧,邹元标三次上疏反对“夺情”,奏章说:“陛下以为张居正对国家有利吗?张居正论才干虽然有所作为,学术根基却非正途;志向虽然远大,却过于刚愎自用。他的一些政策措施不合情理,比如州县入学的人数,限定为十五六人。有关官署迎合他的旨意,更加减少数量。这是选拔贤才的路子不广。各地判决囚犯,也有一定的数量,有关部门害怕受处分,数量上一定追求有所富余。这是刑罚实施得太无节制。大臣拿了俸禄苟且偷生,小臣害怕获罪保持沉默,有的人今天陈述意见,明天却遭到了谴责。这是上下言路没有通畅。黄河泛滥成灾,老百姓有的以荒草地为家,以喝水充饥,而有关部门却充耳不闻。这是老百姓的疾苦没有得到救济。其他诸如任用残酷的官员,埋没杰出的人才,真是举不胜举。臣恭恭敬敬地读皇帝的诏示,上面说道:‘朕的学业还没有完成,志向还没有确定,先生就离开了我,将使前功尽弃了。’陛下还这样说,真是国家无尽的福份啊。虽然如此,辅助完成皇上的学业,协助树立皇帝的志向的人,不能说朝廷就没有啊。幸好是张居正遭遇父母丧事,还可以挽留,倘若不幸就此离去,陛下的学业莫非就此不得完成,志向莫非终究不能确定么?臣看到张居正的上疏说:‘世上先有非同寻常的人,然后才能做非同寻常的事。’这是把奔丧看作事而不屑于去做的人。谁不知道人只有恪守仁、义、礼、智、信五种道德伦理才能成其为人。现在这个人,父母活着时不去照顾,父母死了不去奔丧,还自我吹嘘为非同寻常的人,世道人心不认为他丧失天良,就认为他是猪狗禽兽,这能叫作非同寻常的人吗?”
奏疏写好,放入怀中然后上朝。正好赶上吴中行等人受廷杖刑。邹元标等打完棍子后,把奏疏拿出来交给中官,哄骗他说:“这是请假的奏疏。”等奏疏呈上后,张居正十分恼怒,也将邹元标打了八十棍子,贬职流放都匀卫,都匀卫位于万山丛中,与少数民族杂居,邹元标处之泰然。更加专心研究理学,学问得到很大的进步。巡抚御史受张居正的指使,将要陷害邹元标。路过镇远在那里住宿,一个夜晚,御史突然死了。 邹元标流放了六年,万历十一年(1582年),张居正去世,征召授官吏科给事中,首先陈述培养道德观念、亲近大臣部属、严肃法令准则、尊崇儒家品行、整顿地方吏治五件事。不久弹劾罢免礼部尚书徐学谟、南京户部尚书张士佩。
慈宁宫遭火灾,邹元标又上疏陈述有关时事政治六件事。其中说道:“臣先前进献无欲望的教诲,陛下尝试自我检查,是真没有欲望呢,还是节制了欲望?俗话说:‘要想人不知,除非己不为。’陛下的确应该尽快彻底地自我检查,着意节制自己的欲望。”
这个时候,明神宗正当壮年,沉迷于声色巡游、宴席,以为邹元标指责自己,很不高兴,降旨责怪他。首辅申时行因为邹元标是自己的门生,却弹劾罢免了他的姻亲徐学谟,也心怀不满,于是把他贬职为南京刑部照磨。调任兵部主事。征召改任吏部,提升员外郎,因病免职。后起用候补验封。陈述吏治十件事,百姓疾苦八件事,奏疏接近一万言。文选员外郎空缺,尚书宋纟熏请求任用邹元标,很久都没有消息,宋纁接连上疏催促。给事中杨文焕、御史何选也帮着说话。明神宗大怒,斥责宋纁,将杨文焕、何选贬到外地,而将邹元标调往南京。刑部尚书石星为他辩解,也遭到明神宗的责备。
邹元标在南京过了三年,称病回家。很久之后,起用为本部郎中,不去赴任。不久母亲死,定居乡里讲学,跟他学习交游的人一天比一天多,名气也越来越大。朝廷内外上疏举荐被遗失的人才,共有几十甚至百道奏疏,没有不把邹元标列在第一位的,终于不被起用。 从万历十八年(1590年)至万历四十八年(1620年),邹元标整整三十年居家讲学,未涉仕途。在这期间,邹元标与顾宪成、赵南星成为“东林党三君”。
明光宗即位,征召邹元标为大理寺卿。尚未到任,被提拔为刑部右侍郎。
天启元年(1621年)四月,邹元标重返朝廷,有感于朝内党派纷争,大臣各怀偏见的情况,向明熹宗进谏“和衷”之议,说:“现在国家这个样子,都是二十年来各大臣纷争酿造成的。过去不选拔人才、礼让贤能,却天天嫉贤妒能,压制人才,讨论事情的人又不能心平气和,反而专门致力于分立门户派系。卑臣以为今天最要紧的,只是朝廷大臣彼此和睦而已。朝廷大臣和睦了,天地之间自然就和顺了。以前讨论人和事,每个人都心怀偏见,偏见导致迷乱,迷乱导致固执,固执转而自私,不再知道有别人,国家的灾祸就降临了。现在跟各大臣立一个约定,讨论一个人应该公平,不要轻易下笔做结论;讨论一件事应该借鉴以前的经验,考虑它的后果,不要不加思考、轻信传闻。用天下万世的良心,来衡量天下万世的人和事,则议论公平,而国家能享受安定和平的幸福。”于是推荐涂宗浚、李邦华等十八人。明熹宗优先下诏,嘉奖并接受了。过了二天,又陈奏发掘选拔人才、理财振军等数事以及保证安宁的四项规条。并请求征召录用叶茂才、赵南星、高攀龙、刘宗周、丁元荐,而抚恤、登用罗大大纮、雒于仁等十五人。明熹宗也赞同接纳。 当初,邹元标站在朝廷上,正直威严,令人生畏,晚年努力争取做到和睦平易。有人议论他赶不上刚开始做官的时候有气魄。邹元标笑着说:“大臣跟言官是有区别的。风度超绝,是言官的事情。大臣关心的不是大的利益和损害,就是应当保护扶持国家,怎么能像年轻人那样怒形于色呢?”这时结帮拉派十分兴盛,邹元标讨嫌这种做法,想改正这种陋习,所以他举荐引用的人不拘一格。曾经想推举任用李三才,因言路不通,邹元标没有坚持。王德完讽刺他首鼠两端,邹元标也不计较。南京御史王允成等人以为他们二人有矛盾,请求明熹宗下诏调解。
邹元标说:“我与王德完从来没有矛盾,这一定是有人在从中捣鬼。我曾跟朝中大臣说:‘当今皇帝年幼,敌人就在国门边上,只有同心协力、同舟共济了。倘使再党同伐异,对国家来说就是不忠,对家庭而言就是不孝。世上自有不偏袒、不结党的正道,为什么总是在窝里斗个没完呢?’皇帝即位已经很久,但前朝被废黜、死亡的各臣还没有得到赠封照顾,邹元标再次上疏阐述抚恤大典,言辞更为恳切。
不久改任吏部左侍郎。未到任,授官左都御史。
天启二年(1622年),主管在外地官员的考核,离职或是留任全凭公论。御史潘汝祯、过庭训一向有人议论。等过庭训官期任满,潘汝祯的评价充满了赞扬的话。邹元标上疏弹劾,二人一起称病离职。不久,邹元标说丁巳年(1617)对京官的考核不公正,专门打击压制跟自己意见不一致的人,请求明熹宗收留录用章家祯、丁元荐、史记事、沈正宗等二十二人。由此各臣多得到平反昭雪。又说:“公开下诏征召被遗失的人才,但各老臣的官阶还是三十年前就应该得到的,应该增加三品抬高他们的官级,表示陛下褒扬尊敬年高德重之人的美德。”明熹宗采纳了他的意见。于是北京和南京的太常寺、太仆寺、光禄寺三卿各增加了二个名额。 孙慎行议论“红丸案”,邹元标也上疏说:“人之所以存在,是因为有三纲五常。三纲五常所以确立,是因为有信史。我去年乘船经过南中,南中的知识分子都说先皇帝突然驾崩,死因不清楚,传闻不可轻信。我开始还不以为然。等到进入北京城,跟人说起先皇帝有大德,应该尽快记入信史。
各大臣说:‘提到先皇帝弥留之际的大事,叫人停笔不敢下,有谁敢担当这个责任?’我开始对前些天听到的话有了怀疑。首辅方从哲不伸张讨伐逆贼的正义,反而实行奖赏奸细的法令,即使是无心做事,又怎么向世人解释交待。况且方从哲执政七年以来,没有听说有什么建树,只听见说骑在马上一天打三次仗,损失我国十万士卒。请问是在谁当政期间,使先皇受到震惊,奸邪之人闯入内宫、豺狼当道,扰乱朝政?方从哲如何回答?从来惩戒乱臣贼子,都是依靠信史。信史耽误于今天,不知到何时才能写成?”当时刑部尚书黄克缵观望内廷的意图,小官吏们都跟着他,而方从哲世代定居京城,盘根错节的关系不少,崔文升一帮人迎合内廷,极力追究孙慎行和大家的议论,都不能陈述。不久,孙慎行和王纪一起被驱逐,邹元标上疏挽留,明熹宗不听。
邹元标自从回到朝廷以来,不危言耸听,不发表过激言论,对于事物没有猜疑。然而奸诈小人因为他是东林党人,还是忌恨他。给事中朱童蒙、郭允厚、郭兴治担心明年考核京官对他们不利,暗地里想办法赶走他。正好邹元标同冯从吾创建首善书院,集合志同道合的人讲学,朱童蒙首先请求禁止。邹元标上疏辩论请求辞职,皇帝已经安慰挽留,郭允厚又上疏弹劾,语言尤其荒谬没有根据。而魏忠贤刚刚大权独揽,传旨说宋朝之所以灭亡是因为讲学,将要严加谴责。叶向高极力辩解,并且乞求一起辞职,这才下了道温和的诏书,郭兴治和郭允厚又交相上疏大力攻击,郭兴治竟然把他们比作山东的“妖贼”。邹元标更加坚定地接连上疏请求离职,下诏加赠太子太保,乘驿车回家。闭门谢客,进呈《老臣请去国情深疏》,一一陈述军国大计,而规劝皇帝节制欲望,人们争相传诵。
天启四年(1624年),邹元标在家中病逝,享年74岁。
天启五年(1625年),御史张讷请求拆毁天下的讲坛,极力诋毁邹元标,魏忠贤于是假传圣旨剥夺他的官籍。
崇祯初年(1628年),追赠为太子太保、吏部尚书,谥号忠介。