根据职责需求，务川自治县住房和城乡建设局设有以下六个内部机构：
办公室：负责统筹机关的党务、政务工作，包括文电处理、保密管理、督查、安全、会务、档案管理等日常事务。机关综合性文件的起草，车辆管理、后勤服务以及接待等职责也在其中。此外，还负责机构编制、人事劳资、社会保障等工作，以及指导和监督事业单位的相关事宜。涉及干部教育、职称评审、培训和考核等工作，以及财务管理和会计核算等财务事项。
政策法规股：主要负责宣传和贯彻城乡规划、住房和城乡建设等领域的政策法规，制定和执行规范性文件，查处违法行为，进行普法、行政执法监督和行政应诉等工作。同时处理全局的信访事务，协调解决相关矛盾纠纷，并负责安全生产工作和规划发展规划的制定。
住房保障股（县住房制度改革领导小组办公室）：负责全县住房保障政策的制定和执行，管理经济适用房、廉租住房等保障性住房，监督住房保障资金使用，统计报表，指导住房保障工作，审批住房保障和改革方案，办理公房出售、出租等事宜。
城乡建设规划发展股：负责全县城乡规划的监督管理，包括总体规划、详细规划，历史文化名镇、名村的保护工作，规划选址审查，以及对风景名胜区的管理等。
城镇管理股：负责城镇管理规划和实施，监督城区环境卫生，市政公用事业管理，户外广告、灯饰等城市规划管理，以及对物业管理企业的资质管理。
工程管理股：负责城乡建设管理工作，制定发展规划，组织市政和城镇建设项目，负责工程招投标、报建、施工许可证核发，对勘察设计、建筑企业进行资质管理，并推动建筑节能和新型墙体材料的使用。