晚晴园始建于19世纪末。当时是由橡胶业巨头张永福为他的母亲陈宝娘女士买下的一幢独立洋房。张永福是中国革命事业的热心支持者。1906年2月，他将这幢独立洋房送给孙中山先生，以方便他进行革命活动。1911年，中国革命成功后，晚晴园由当时的中华总商会(现在的新加坡中华总商会)接管。
辛亥革命成功后，人事星散，加上张永福因支持革命，生意亏蚀很大，因此将晚晴园卖给一位印度商人。印度商人买下后，本人并不住在这里，园林逐渐荒芜。新加坡的同盟会老同志，非常珍惜晚晴园那段光荣的历史。1937年，新加坡六位有远见的华社领导合力将晚晴园赎回。这六位领导都是种植业和树胶业的翘楚兼银行家，他们是：李光前、陈延谦、李振殿、周瑞献、李俊承和杨吉兆。1938年，他们将晚晴园交给中华民国政府管理。民国政府拨款修理，并搜集文物，安放桌椅、铜像。1940年元旦举行开幕典礼开放供参观者凭吊瞻仰。
1941年12月，太平洋战争爆发。1942年2月15日，新加坡沦陷。晚晴园被日军占用，充作通讯部。园内楼上楼下陈设的纪念文物和图片荡然无存。1945年8月15日，日本投降，但晚晴园已经满目疮夷，四壁萧然了。
1946年，中华民国政府再次拨款重修晚晴园，并作为驻新加坡国民党支部办公室之用。1949年，英国承认由中国共产党建立的中华人民共和国，因此殖民地政府不允许国民党在新加坡设立支部。民国政府于是在1951年将房地契约交给新加坡中华总商会，晚晴园再度沉寂下来。
1964年12月，新加坡中华总商会决定重修晚晴园，作为纪念孙中山在新加坡领导群众，策动革命的光荣史迹。1965年修复完成，同年11月12日庆祝孙中山诞辰99周年纪念。1966年，总商会将在新加坡各处发掘的日治时期死难人民的遗物陈列在晚晴园。这时晚晴园展示的历史文物分成两部分，一是孙中山的遗物及历史图片，一是日本统治时期死难人民的遗物。
1994年，晚晴园被新加坡政府列为历史古迹。1995年2月19日，时任新加坡新闻及艺术部长的杨荣文准将(现为外交部长)亲自到晚晴园参观。他认为晚晴园是新加坡历史发展的一个重要见证。孙中山领导的辛亥革命不仅改变了中国，也改变了整个世界局势。为了让年轻一代对过去这段历史有所了解，应该将它翻新，重新赋予它历史的生命。1996年，中华总商会将其更名为孙中山南洋纪念馆，以追念孙中山先生在东南亚一带的革命事迹。1997年，中华总商会成立了子公司孙中山南洋纪念馆有限公司，负责纪念馆的修复工作。
晚晴园修复委员会是由新加坡中华总商会前任会长郭令裕发起并成立的。在郭先生领导下，委员会属下还包含了五个工作小组，彼此为着共同的目标奋斗不懈。经过四年的艰苦耕耘，终于将晚晴园改造成孙中山南洋纪念馆。
经过了4年的修复，这栋耗资新币800万的纪念馆，已在2001年11月12日，即孙中山诞辰135周年纪念当天开幕。由内阁资政李光耀主持开幕典礼。
