性能不同。
一、M.2固态硬盘接口：
M.2原名是NGFF接口，早前是为超极本（Ultrabook）量身定做的新一代接口标准，主要用来取代mSATA接口。不管是从非常小巧的规格尺寸上讲，还是说从传输性能上讲，这种接口要比mSATA接口好很多。正是因为SATA3.0的接口瓶颈越来越突出，现在很多主板厂商都开始在产品线上预留出M.2接口，尤其是很多笔记本主板开启预留的都是这种接口，当然一些好一些的台式电脑主板也逐渐喜欢配备M.2接口。
二、PCI-E固态硬盘接口：
PCI- E是最新的总线和接口标准，原名称为“3GIO”，是由英特尔提出的，从传输效率上来讲，板载的PCI-E比SATA更适合于CPU、内存数据进行通讯与 传递。PCI-E接口的SSD通过PCI总线直接进行存储器访问，而非只是将闪存或DRAM内存封装成SCSI连接的硬盘驱动器。
总结：所以从I/O延迟角度上讲，这是本质上的改变，直接使SSD的随机读写性能得到量级的提升。也可以说，PCIE接口固态硬盘是目前价格最昂贵的固态硬盘，也是性能最强的。
ps：由于目前最常见的SATA3.0接口固态硬盘，在传输速度方面逐渐接近瓶颈，而未来固态硬盘如果速度还有大幅提升的话，显然SATA3.0接口SSD会出现瓶颈，正因为如此，目前SSD的接口也越来越多，其中M.2与PCI-E凭借传输速度无瓶颈，未来潜力还是很大的，尤其是M.2不仅适合笔记本等设备，也适合台式电脑，未来的场景相比PCI-E接口应该还要更广一些。
本回答被网友采纳PCI-E是现在电脑上面通用的数据接口，而M.2是取代基于mini PCIe改良而来的msata固态硬盘。PCI-E数据直接通过总线与CPU直连，而M.2接口可以支持SATA和PCI-E的通道。以下是详细介绍：
1、简单来说PCI-E是现在电脑上面通用的数据接口，而M.2是取代基于mini PCIe改良而来的msata固态硬盘，为超极本量身定做的新一代接口标准；
2、PCI-E数据直接通过总线与CPU直连，省去了内存调用硬盘的过程，传输效率与速度都成倍提升；目前PCI-E接口通道有PCI-E 2.0 x2及PCI-E 3.0 x4两种，最大速度达到32Gbps，可以满足未来一段时间的使用；
3、M.2接口，最初叫做NGFF，全名是Next Generation Form Factor，宽度22mm，单面厚度2.75mm，双面闪存布局也不过3.85mm厚，M.2接口可以同时支持SATA及PCI-E通道，后者更容易提高速度。有三种类型，被称为Socket 1、2、3，主要是Socket 2和3；Socket 2支持SATA和PCI-E X2通道，Socket 3则只支持PCI-E X4通道；
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看
更
多
走SATA总线的实际速度和普通SATA接口的SSD一样，甚至同价位、同容量的这类M.2接口SSD性能不如SATA接口的盘，只是因为有的笔记本带有走SATA通道的M.2接口，可作为第二块硬盘使用。
另一种是走PCI-E总线的M.2接口的SSD，它的速度一般都超过了SATA3.0传输速度的上限，如三星950pro512G版本，读取超过2G/S，写入超过1G/S。
所以这类SSD的性能明显比普通SATA接口的SSD速度，但随着带来必须主板bios支持启动，并需要安装驱动，而启动过程中加载驱动的时间使整体开机时间不见得高于SATA3.0接口的SSD，但在系统中进行数据读写时速度就充分发挥出来。
所以目前买M.2接口的盘，如果主板支持M.2走PCI-E总线，却买了走SATA总线的M.2接口的SSD就显得不合算了。
走PCI-E总线的M.2SSD目前价格较高，如果普通家用，没有较大的数据吞吐量，还是选择性能好一点的SATA3.0接口的SSD更好。本回答被网友采纳