神秘魔塔V2.0是巨大八爪鱼制作的第三款魔塔，已于2010年2月13日23:46发布。
神秘魔塔V2.0将不再模仿新新魔塔（神秘魔塔1.x都是模仿新新魔塔），背景音乐不再采用新新魔塔的3种音乐，并且制作5个章，它们分别是：贤者之证、霸者之证、勇者之证、隐者之证和金币之证。
神秘魔塔V2.0可以让玩家选择难度，以适合不同的玩家。 本次最大的革新：神秘魔塔1的3个章都在神秘5楼，而神秘魔塔2的5个章不在同一层楼。
神秘3楼左边的贤者之证：
最大特点：随机吸血。
优点：前头玩得好的话，后期血会暴多，打魔王不会有太大问题，难度较小，几乎不需要+血。
LV1时，随机吸血，机率不高。
LV2时，提高吸血机率。升级方法：人物LV120,地下7F红衣NPC。
LV3时，提升吸血机率，防御。升级方法：人物LV162，神秘5F的NPC。
神秘3楼右边的霸者之证：
最大特点：随机防御并反击，甚至恢复生命。
优点：同最大特点。
缺点：反弹效率不高，不像新新魔塔1.1那样能一下子打掉怪物不少血，而且很需要SL。
其他：多SL的话其实很容易。
LV1时，随机反弹一部分物理攻击，机率较一般。
LV2时，随机反击并进行防御。升级方法：人物LV90，神秘6F的NPC。
LV3时，提升反击和防御机率，有攻击特效。升级方法：人物LV180，地下39F的NPC，经验100。
神秘4楼的勇者之证：
最大特点：固定二连击，也就是每轮都是2连击。
优点：会加大攻击的效果。
其他：相比神秘魔塔V1.1没什么变化。
LV-1：确实无用！
LV-2：固定2连击。升级方法:人物LV73时去地下15楼找右边的NPC，无奈交出500大洋就行了。
LV-3：随机出现附加攻击（不是加攻击力）。升级方法：人物LV136，地下41楼左下角NPC。
神秘1楼的隐者之证：
最大特点：随机附加攻击，勇士的攻击无视怪物的防御
优点：战斗速度变快，勇士伤害变小，可以像魔法师那样使用魔法哦。
缺点：打怪时容易伤到自己，miss几率变高。
LV-1：无用。
LV-2：不管怪物的防御有多高，勇士都能一刀打死。升级方法：人物LV95时找地下15楼右上角的npc。
LV-3：出现附加攻击。升级方法：人物LV158时找地下44楼老人。
神秘2楼的金币之证：打怪后可以获得双倍金币，不过几率较低，甚至损失金币。
（这个章是无法升级的）
其他：简直是没用……
神秘魔塔V2.0地上部分有50层，地下部分有70层，神秘楼层有30层，一共150层。
另外，还有一点革新：神秘魔塔1战斗时没有战斗过程，2.0以后的版本都有战斗过程。 2010年1月3日 15:17 发布Beta1
2010年2月13日 23:46发布正式版 神秘1层：5楼绿宝石处向下挖，那里是隐者之证
神秘2层：8楼上楼楼梯下面挖，那里是金币之证
神秘3楼：18楼右边往上挖格个，左边是贤者之证，右边是霸者之证
神秘4-5楼：32楼左下角从下往上数第2格往左边挖3格，那里是勇者之证
神秘6-16楼：地下11楼下面的老头处往下挖1格
神秘17楼：地下30层下面的墙从右往左数第5格往下挖1格
神秘18-30楼：地下31楼红衣魔王处向上挖1格即可
