自营店和官方旗舰店都是正品。
官方旗舰店和自营旗舰店没有什么区别，一个主代理店，一个是主营店，都是正品，但如果说两者对比的话，还是官方旗舰店更为靠谱一些，因为官方旗舰店是经过了官方授权，而且部分官方旗舰店还是由官方进行运营的。由官方发货，官方售后。
自营旗舰店通常也是经过授权的店铺，只是相对比官方旗舰店来说，他的可信度要比官方旗舰店要低一点。旗舰店是指某一品牌在某城市中最大且最为丰富齐全的营业店，或拥有最快上市速度等特点为一体的专门店或专营店。
官方旗舰店是一款汇聚淘宝、天猫商城中品牌女装、时尚潮流男装、精品鞋包、美容化妆、珠宝饰品等多家品牌官方旗舰店铺。
自营旗舰店和官方旗舰店的区别
1、不同卖家
京东自营旗舰店相当于超市，工厂卖给京东自营旗舰店，京东自营旗舰店卖给买家；官方旗舰店只在京东搭建平台出售自己的商品，官方授权商店是制造商授权给私人或企业的商店，也有过境关系。
2、不同流量
京东商城将保证自己门店的流量和活动最大化，从销量中获利，这将导致消费者对其他门店的关注度降低。
3、不同的物流
京东商城通常会选择最近的仓库下订单发货，通常会在第二天收到货物。但官方授权店或官方旗舰店的配送点相对固定，物流速度会相对较慢。
4、不同的托运人
京东的客户是JD的官员。旗舰店的发货人是官方品牌。
以上内容参考百度百科-京东
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