1945年5月后，王秉祥任中共关中地委组织部干部科科长、组织部副部长、宣传部副部长、部长，兼任关中分区党校副校长。1946年任关中西线指挥部政委、警备一旅一团政委，兼任中共新宁县委书记。1947年关中地委决定成立新宁、新正、中宜三县中心县委，王秉祥任中心县委书记和收复关中敌占区指挥部成员，同杨伯伦、，刘樊功、葛海洲等率警一旅三团一、三营深入新正、赤水、淳耀等地，闯进敌包围圈，从3月16日到4月上旬，共打了7次歼灭战，连连取胜，战绩卓著，牵制胡宗南部数十倍于已的敌军，掩护了主力突围，收复了关中，受到西北大区的表扬。接着率领中心县地方武装和西线指挥部将士一起，与国民党马继援八十二军长期周旋，浴血奋战，直至西北战场最后胜利。1948年秋到1949年春，人民解放军两次解放陕西铜川，王秉祥两次出任军管会主任。当第一次解放铜川后，因敌情变化，解放军腹背受敌，在被迫转移的紧急关头，接连收到一野四纵总部的三次电报命令，责成军管会撤离时，将铜川“煤矿彻底摧毁”。王秉祥根据对党的方针政策的理解和整个战局的分析，顶住沉重压力，没有执行这个命令。后来查明，是译电员不慎，误将“对敌工事彻底摧毁”的命令，译为将铜川“煤矿彻底摧毁”。王秉祥拒令而保护了铜川煤矿及7万多名职工的身家性命，并因此受到表彰。
1949年3月，王秉祥调任陇东地委书记。1950年6月改任中共庆阳地委书记兼军分区政委。期间，建党建政，肃清国民党残余势力和企图叛乱的反动武装，成绩显著，受到中共甘肃省委的通报表彰。1951年2月，调任甘肃省委组织部副部长兼省人事厅厅长、省劳动就业委员会副主任、西北行政区监察委员会委员、省土地改革委员会委员、省政府参事室主任、文史馆主任、妇女委员会书记等职。1954年任中共甘肃省委组织部部长、省委党校和省行政干校校长、甘肃省人民政府委员。1956年任中共甘肃省委专职常委，是年7月被选为中共八大代表，出席了八大一次和二次会议。在他主持组织、人事工作期间，为各级党政机关和企事业单位选拔和培养了大批德才兼备的优秀干部，并提出应当注意培养和任用有一定文化程度的青年干部，还将这一观点写入题目为《超车》的文章里。这篇文章发表在中共甘肃省委主办的《红星》杂志1958年第一期。1959年任中共甘肃省委书记处书记，同年12月当选为甘肃省常务副省长和第二届全国人大代表，以及省政府党组书记。1960年6月，任甘肃省农垦委员会主任，在张掖主持召开了河西农垦会议，提出在河西扩大耕地四千万亩，植棉一千万亩，实现农业水利化、机械化和电器化，把河西建成粮棉基地和国家战略后方的主张，得到国务院的肯定和赞许。是年，王秉祥带领省委工作组调查解决通渭县发生的严重饥荒，他逐村逐户看灾民，问饥苦，鼓励基层干部讲真话，向省委如实反映了通渭饥荒严重的实际情况，提出迅速调拔回销粮抢救人命的建议，在省委的支持下，为通渭县争取到了当时全省最高的回销粮供给标准。
1962年，在批判和处理省委主要负责人“左倾蛮干”错误中，全省集训县以下基层干部一万零六人，还提出要枪毙13名县委书记。王秉祥敏锐地看到，这种作法是在纠正错误工作中存在的以左反左的严重问题，便诚恳地提出不应过多地打击基层干部的正确意见。此意见不仅没有被听取，王秉祥反而受到极不公正的对待，是年12月，撤销了他的党内外一切职务。此后，在“四清”运动和“文化大革命”中，他接连遭受批判和迫害，但他始终保持了共产党员刚正不阿、不屈不挠的气节。 党的卜一届三中全会后，1979年初，王秉祥被调回甘肃省，任中共甘肃省委常委、副省长。1980年，中央正式·厂达文件，对他自1962年到“文化大革命”中受到的种种不公正待遇，进行厂彻底平反和纠正。1981年恢复了原正省级职务，任中共甘肃省委书记兼省政法委书记、省保密委书记、打击经济犯罪领导小组组长，省边界领导小组组。1982年，在党的十二大上被选为中央纪律检查委员会委员。1983年任中共甘肃省顾问委员会副主任。同年11月任政协甘肃省委员会主席兼党组书记，同时兼任甘肃省地方吏志编纂委员会主任、中共甘肃省委党史资料征集委员会主任。1985年当选为中国共产党全国代表大会代表。1987年当选为中共十：三大代表，并出席了历次会议。1988年3月，当选为七届政协全国委员会常委、经济委员会委员。这一时期，王秉祥对全省政法工作的拔乱反正、纠正冤假错案、加强法制建设做出了积极的贡献；对严肃党纪、整顿党风做出了积极的努力；对党的统一战线，人民政协工作做出了显著成绩。对革命老区建设非常关心，长途跋涉，奔走呼吁，倡导成立了甘肃省老区建设促进会，做了大量卓有成效的工作。特别是经过他十多年的艰苦努力，终使盐环定杨黄工程甘肃专用工程立项并开工建设。1992年7月30日他在盐环定扬黄工程甘肃专用工程开工典礼大会上发表了热情洋溢的讲话，并赋诗两首祝贺：
(一)
三省牵黄龙，一流润北原；
千年苦旱地，万紫百花园。
(二)
黄河之水天上来，姹紫嫣红众手栽。
千年苦旱今朝解，环县人民喜开怀。
此外，他不顾高龄，主持全省地方史志的编纂工作，审阅了数百万字的地方志稿，撰写了数十万字的党史资料和革命回忆录，他还参与和支持社会各项公益性工作和诸多社会团体的活动，在党史、法学、诗词、老年大学等31个社会团体任会长、名誉会长和顾问，深受社会各界的敬重。1993年8月，王秉祥在兰州逝世，终年77岁。
