焦老在中医学术领域中，以其深入的理论基础和临床实践经验，强调将中医理论应用于临床，尤其是注重辨证论治，运用整体观和动态变化的思想解析疾病的发生与发展规律。他主张在治疗中，无论是方法（如理、法、方、药）都应精确无误，例如他提出的咳嗽治疗七法，犹如音乐中的七个音阶，灵活多变，要求法中有法，法外有法，灵活运用。
在呼吸系统疾病治疗上，焦老创立了“治喘两纲六证三原则”，并创造了如麻杏二三汤、麻杏苏茶汤等有效方剂。在神经衰弱和女性更年期综合征等病症上，他也有独特见解，如挹神汤和足消肿汤，广受医生们的采纳。同时，焦老倡导结合现代科研成果和西医学的优势，以推动中医药学的发展。
在科研工作中，他提出了“继承、博采、突出、创新”的研究方法，例如在类风湿性关节炎的研究中，他提出了“尪痹”这一新病名，引领了相关疾病的临床研究并推动了产品“尪痹冲剂”和“尪痹复康”的研制，这些成果对学术研究和《内经》的分类法都有补充，对类风湿性关节炎的理解也有所启示。
焦老的学术贡献还表现在国际交流上，他多次被邀请到日本、美国、新加坡等地讲学，担任多个国际学术组织的顾问，其著作如《用药心得十讲》和《从病例谈辨证论治》深受国际医学界好评，其中《方剂心得十讲》和《焦树德临床经验辑要》的出版，也得到了国家科技图书奖项的认可。
焦树德于1991年10月应国家中医药管理局邀请有在人民大会堂参加了全国挑选的五百名老中医药专家收徒拜师大会。1992年4月被北京市科学技术委员会评为“科技之星”，消息在《北京日报》头版发表。自1990年享受国务院颁发的“特殊津贴”。1994年被收录于英国《剑桥国际名人辞典》。