关节外科，是在骨科-显微外科医学部属下的主要专科,包括一院本部关节专科和黄埔院区关节专科。开展各种常见关节疾患诊治，应用先进的国内外新知识新技术对骨关节疑难杂症进行积极诊治，包括常见肩、肘、髋、膝关节的置换和翻修，难度大的复杂髋、膝关节置换和翻修，复杂先天性髋关节脱位的治疗，各种关节及韧带创伤的重建和修复，关节镜的开展等。
心内科，开设心内病区、心监病区、心介入病区、心导管室、体外反搏室、心电生理室、无创检查室及心实验室等部门，承担日常医疗任务，主持国家九五、十五科学攻关项目等一批国家级及省级科研项目，培养包括博士生、硕士生、本科生、实习生、专科进修医生等教学任务，定期举办心内急症学习班和国家级继续教育学习班等。 设备齐全，拥有国际一流的动态心电图、运动心电图、心电生理检测仪、同位素心血管检测仪，先进的双向X光心导管设备及华南地区首台EnSite 3000 非接触式三维电生理标测系统。 在介入性心脏病学方面，开展了冠状动脉造影、冠状动脉成形术、冠状动脉支架植入术、冠状动脉旋磨术、风湿性心脏病瓣膜扩张术、先天性心脏病PDA、ASD及VSD封闭术、肾动脉扩张及支架植入术。 在心电生理学方面，开展了心内电生理检查术、房室结折返性及房室折返性心动过速、室性心动过速、房性心动过速、心房扑动以及心房纤颤的射频消融术。在起搏器植入方面，开展了VVI、VDD、AAI、DDD、DDDR及抗心房颤动起搏器，还开展了埋藏式心脏除颤起搏器（ICD）及双心室起搏器的植入。开发并拥有独立知识产权的增强型体外反搏治疗冠心病的技术，已在全球广泛应用。
针灸科是中山一院独立的临床科室，成立于1978年。拥有诊室4个，治疗床25张以及电针机、电磁波频谱治疗仪、电子灸疗仪等一批仪器。 科室主要承担门诊及住院病人的诊疗服务工作，运用的是祖国的中医学理论，突出传统的针灸特色，并结合现代医学理论和科技成果。主要采取针刺、艾灸、火罐、梅花针、穴位注射、穴位埋线、刮痧、推拿等各种方法，在治疗各种疼痛、各种功能性疾病和感觉、运动障碍性疾病方面具有独特的优势。针灸疗法具有疗效显著、适应症广、操作简便、经济安全的优点，深受广大人民群众的欢迎。 主要的适应症是：脑血管意外后遗症、脑外伤后遗症、小儿脑瘫、脊髓损伤、面瘫、感冒、哮喘、咳嗽、鼻炎、失眠、头痛、眩晕、颈椎病、肩周炎、腰腿痛、骨关节炎、慢性胃炎、胃肠神经官能症、腹泻、便秘、呃逆、痛经、功能性子宫出血、慢性附件炎、遗尿症、尿潴留、术后肠麻痹、痤疮、荨麻疹、带状疱疹等。
中医科，是集中医、中西医结合医疗、教学及科研为一体的二级学科建制科室，当前拥有医护技人员39人，其中教授（主任医师）6人，副教授（副主任医师）9人，讲师（主治医师）9人，住院医师4人，护理人员9人，教辅员1人，技术员1人。医生的知识层次较高，其中获博士学位3人，硕士学位11人。 是广东省综合性西医院中规模较大的中医、中西医结合诊治、研究中心之一，拥有多名在省内乃至华南地区本专业领域有一定影响的中医专家教授。中医门诊和正骨门诊设有心血管、肝胆、胃肠、呼吸、肾病、肿瘤康复、老年病、风湿病、妇科、儿科、骨关节病等中医专科，每天开设普通门诊和专科门诊，还开设大量的教授门诊，正骨门诊还提供手法复位、按摩、牵引及外敷等传统中医服务项目。中医门诊及正骨门诊的中医特色明显，平均每天接诊来之各地患者1200人次左右。
皮肤性病科，是集临床、教学、科研为一体的综合性医疗单位，是国内教学医院中规模较大、设备齐全、技术力量雄厚的皮肤性病学科之一。 我科人才梯队建设合理，具有正教授 2 人，主任医师 2 人，副教授 2 人，副主任医师 6 人，主管护师 5 人，主管技师 1 人，技师 2 人，护师 9 人。其中有博士导师 1 人，硕士导师 4 人。科室人员分别担任广东省皮肤学会常委，广东省医师协会皮肤分会常委，中华皮肤学会病理学组委员，中西医结合学会治疗学组委员，广东省激光学会委员和广东省过敏变态反应学会委员。 2006 年我科引进一位在西方国家攻读博士学位的皮肤科人才回国服务，担任科室领导职位，大大加强了学科在医教研三方面革新跃进的力度。开设皮肤普通门诊、性病诊疗中心、激光、真菌性皮肤病、色素障碍性皮肤病（白癜风）、皮肤血管瘤、痤疮、脱发（斑秃、男秃）、手部皮肤病、红斑狼疮以及银屑病等 10 个专科。并设有固定的教授门诊和坐班教授门诊，每日出诊教授 2-6 位，性病诊疗中心亦有固定的教授门诊。门急诊量超过 10 万人，临床诊治准确度达国内先进水平。
