主要区别如下：
一、设立目的不同
非营利性医院经营的目标是向社会提供基本的医疗服务，满足人民群众基本的医疗需求，提高人民群众的健康水平，体现社会公平，推动社会进步，社会效益是其活动的准则。而营利性医院经营的目的是为了获得投资回报，追求利润最大化，经济效益是其活动的准则。
二、经营方式不同
非营利性医院的经营者必须根据国家的政策规定来进行经营，要受政府的领导。政府对非营利性医疗机构的医疗行为、业务范围和服务价格有较多的干预。而非营利性医院在经营上具有一定的灵活性，可以自主经营、自负盈亏，可以按照市场需求进行运作。
三、收益分配的方式不同
非营利性医院盈利的分配，只能用于医院的发展或回报社会，如改善就医环境、购置仪器设备等，医院的所有者和工作人员不得从盈利中获取利益。而非营利性医院的利润属于投资者或股东所持有，可以用来分红。
四、服务的对象不同
非营利性医院以群众的医疗需求为导向，提供的是基本医疗服务，服务对象主要是普通群众。营利性医院以市场为导向，提供的往往是能够获得高额利润的
特需医疗服务或其他特色医疗服务，如尖端的医疗技术、先进的医疗设备、优雅的就医环境，服务对象是经济条件比较好的病人。
五、财政补助政策不同
政府举办的非营利性医院由同级财政给予合理补助，其中对大中型医院以定项补助为主，对基层医院以定额补助为主，而其他非营利性医院和营利性医院不享受同级政府财政补助。
六、享受的税收优惠政策不同
非营利性医院享受相应的税收减免优惠政策，而非营利性医院一般得不到政府的税收减免政策，要照章纳税。但为了支持营利性医疗机构的发展，对于营利性医院取得的收入，目前免征营业税。
七、执行的价格政策不同
政府举办的非营利性医院，医疗服务价格按扣除财政补贴和药品差价收入后的成本制定；其他非营利性医疗机构的医疗服务价格执行政策指导价。营利性医院，医疗服务价格由经营者根据市场情况自行决定，国家一般不进行干涉。八执行的财务会计制度不同。
扩展资料
非营利性医院执行财政部、卫生部颁布的《医院管理制度》和《医院会计制度》等有关法规、政策；营利性医院参照执行企业的财务、会计制度和有关政策。在具体执行中，对政府举办的非营利性医院可委派财务总监；对其他非营利性医院，应制定统一的财会制度，严格执行审计制度。对于非营利性医院的财务监督，可由税务部门来监督。