农业企业免收的税种有：相关增值税；针对相关种植业、养殖业和农林产品初加工业、渔业、国有农业企业、家禽行业免收企业所得税；车船使用税；印花税；城镇土地使用税等。
1、相关增值税：
农业生产者销售的自产农产品；对从事农业机耕、排灌、病虫害防治、植保、农牧保险以及相关技术培训业务，家禽、牲畜、水生动物的配种和疾病防治工作所取得的收入；对单位或个人将土地、水面等发包(出租)给其他单位或个人从事农业生产所收取的承包金(租金)；转让给农业生产者用于农业生产的人工用材林。
2、针对种植业、养殖业和农林产品初加工业免收企业所得税：
（1）对重点龙头企业从事种植业、养殖业和农林产品初加工业取得的所得，比照财政部、国家税务总局《关于国有农口企事业单位征收企业所得税问题的通知》(财税字[1997]49号)规定，暂免征收企业所得税。
（2）对包括国有企事业单位在内的所有企事业单位种植林木、林木种子和苗木作物以及从事林木产品初加工取得的所得暂免征收企业所得税。
（3）经过全国农业产业化联席会议审查认定为重点龙头企业暂免征收企业所得税；生产经营期间符合《农业产业化国家重点龙头企业认定及运行监测管理暂行办法》规定的暂免征收企业所得税。
3、针对渔业企业免收企业所得税：
（1）对取得农业部颁发的“远洋渔业企业资格证书”并在有效期内的远洋渔业企业从事远洋捕捞业务取得的所得暂免征收企业所得税。
（2）对取得各级渔业主管部门核发的“渔业捕捞许可证”的渔业企业，从事外海、远洋捕捞业务取得的所得，暂免征收企业所得税。
（3）国有农口远洋渔业企业和其他国有农口渔业企业从事渔业类初加工取得的所得，按照财政部、国家税务总局下发的《关于国有农口企事业单位征收企业所得税问题的通知》(财税字[1997]49号)的规定征免所得税。
4、对国有农业企业免收企业所得税：
（1）对边境贫困的国有农场、林场取得的生产经营所得和其他所得暂免征收企业所得税。
（2）除上述政策外，国有农业企事业单位还可享受国家统一规定的其他企业所得税优惠政策。如遇有优惠政策交叉的情况，在具体执行时，可选择适用其中一项最优惠的政策，不能两项或几项优惠政策累加执行。
5、对家禽行业免收企业所得税：
（1）对家禽养殖(包括种禽养殖)、加工和冷藏冷冻企业进行家禽养殖(包括种禽养殖)、加工和冷藏冷冻所取得的所得免征企业所得税。
（2）对企业或个人由于禽类扑杀所取得的财政专项补助，免征企业所得税或个人所得税。
6、车船使用税：
（1）拖拉机专门用于农业生产的，免征车船使用税。
7、印花税：
代购、代销“国务院市场调节粮”协议书免征印花税。
8、城镇土地使用税：
直接用于农、林、牧、渔业的生产用地免缴土地使用税。
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