南京市商务局的职责经过整合和调整，新的职责范围包括了多个部门的部分职能。首先，原市对外贸易经济合作局的外资和开发区协调管理职责，原市商业贸易局以及原市粮食局的职责，全部划入了商务局，以实现内外贸的全面整合。
此外，商务局还承担了市发展和改革委员会、原市经济委员会、原市科学技术局在现代服务业发展政策引导和平台建设等方面的工作，进一步推动了服务业与新型工业的融合，以及市场运行和商品供求状况的监测。
商务局新增了对农产品进出口计划的实施、成品油流通市场监管、废金属和再生资源市场监管等职责，以及原市经济委员会的工业品和原材料进出口管理，以及市场经济秩序的整顿规范。同时，原市劳动和社会保障局的出境就业管理政策和境外就业职业介绍机构资格认定、审批和监督检查工作也划归商务局管辖。
在加强方面，商务局着重于内外贸的深度融合，推动现代流通业发展，致力于构建统一、开放、竞争、有序的现代市场体系。农村市场体系建设也被提升到了重要地位，通过实施农村现代流通网络工程，促进城乡市场的开拓和统筹发展。
同时，商务局也取消了已由市政府明确宣布的行政审批事项，以及原对外贸易经济合作局的某些具体操作职责，如机电产品配额年度进口方案的编制和执行，以及引进技术再出口的监督工作。
根据《中共江苏省委、江苏省人民政府关于印发〈南京市人民政府机构改革方案〉的通知》（苏委〔2010〕63号）和《中共南京市委、南京市人民政府关于南京市人民政府机构改革的实施意见》（宁委〔2010〕43号），设立市商务局，挂市粮食局牌子，为市政府工作部门，承担推进内外贸融合以及现代服务业发展的责任。中共南京市委商务工作委员会（以下简称市委商务工委）为市委派出机构，与市商务局合署办公。