杭州电子科技大学软件工程研究所依托于软件工程专业进行建设，软件工程专业是国家特色专业，本专业培养具有良好的科学技术与工程素养，系统地掌握软件工程的基本理论、专业知识和基本技能与方法，受到严格的软件开发训练，能在软件工程及相关领域从事软件设计、产品开发和管理的高素质专门人才。通过已有的实践性教学团队，可以做到奠定坚实的学科基础，突出实践性教学、强化双语教学、全面推广多媒体计算机辅助教学；以学科、专业建设为根本，以人才培养为目标，以市场为导向，加强工程实践和软件产品开发与应用，适应软件产业发展的需要，着力培养软件研发与管理的高层次人才。该学科科研和教学综合实力方面在省内具有先进水平。
软件工程研究所的核心竞争力是有一支技术和管理才能兼备的高素质团队，绝大部分都是有过企业背景的双师型人才，包括具有研究员、高级工程师等职业资格的CMMI管理咨询专家、MRPⅡ/ERP专家、计算机应用专家，队伍经过多年的磨练，具有相当的理论水平和丰富的实践经验。目前，研究所的主要研究方向有3个：软件工程与企业级应用开发，人工智能以及网络与信息安全。另外，本研究所还负责软件工程理论等学科发展前沿课题的跟踪与研究、城市交通智能化研究、大中型数据库系统的设计与开发等产品的研发任务，同时还承担多个纵向及企事业横向项目的研究和开发工作，并参与竞争各类级别的相关信息化招标项目，进行软件产品的成果产业转化和技术服务，同时，也为学院培养工程型师资队伍及培养研究生和工程应用型软件工程人才的业务实践基地。
研究所坚持“立足浙江，面向全国；自主创新，面向应用，服务地方经济，以应用促发展”的方针，紧密结合浙江的信息产业发展和信息化工程，加强理论研究和技术创新，确定研究和主攻方向。近年来，又积极开展与杭州公共交通集团有限公司等企业的合作，进行城市交通智能化相关关键技术的创新性研究，完成了公交机务信息管理系统、公共自行车租赁信息管理系统、城市公交智能化解决方案的研究等多项课题。逐步形成了自己的优势和特色，具备了进行大型应用软件开发和软件产品商品化的能力，为今后的更大发展打下了坚实的基础。
软件工程研究所智能交通研究团队十几年来一直致力于智能公共交通领域的研究，近年来在跨域物联信息融合、复杂环境下快速移动目标的多识别模式、基于公共交通物联感知网的运维状态数据库和故障分析与诊断知识库、融合复杂情景分析的绿色公共交通资源调度模型、多因素同步约束的运筹规划协同方法、公共自行车识别IC卡技术、公共自行车锁止器与计算机的通信协议等方面取得重要进展。
代表性成果“基于物联的城市公交资源数据融合与智能协同管理系统”荣获浙江省科学技术二等奖。该系统平台在国内公交行业首次成功应用物联技术，将多种公共交通元素跨域连接起来，进行信息采集、融合和挖掘，实现了公交的车、场、站、道、中心设备的智能化，运营车辆实时监控、可视化调度以及电子站牌、车载终端、手机查询等多种形式的公共交通信息服务。成果已在杭州市公交成功实施，每年为该公司直接节约人力、车辆、燃油、管理等成本约1581万元，车辆运营效率提升约10%，公交准点率提升约8%，修理时间缩短约10%。项目实施使杭州公交在国内公交行业中确立领先地位，被建设部授予两家“中国城市公交科技创新最佳企业”之一。
代表性成果“公共自行车交通系统”荣获浙江省高校优秀科研成果一等奖。团队为杭州建立了国内第一个公共自行车系统，目前规模位居世界第一，被专家评价为“国内领先，世界一流”。目前除杭州外还成功推广到江阴、舟山、东莞、佛山、嘉兴、萧山、余杭等多个城市。
另外，“快速公交智慧交通控制系统”、“公交信息管理系统”、“公交车辆管理信息系统”，“公交智能调度系统”等数十个方案的规划、设计与实施工作，也为城市交通、节能减排做出了应有的贡献。
