南京市第五十中学创于1976年8月，是南京市教育局在十年动乱后，首批确定的重点办好的二十八所六年制完中之一。上级主管部门为市教育局，同时隶属于鼓楼区教育科领导。
1981年元月开始由市教育局直接领导。
1986年初，随着管理体制改革的深入，重新隶属区教育局领导。学校本部占地13333平方米。
1976年新建教学楼两栋，计3400平方米，1977年落成。
1976年8月招初一新生15个教学班，分别在马台街小学、丁家桥小学、三牌楼小学、南昌路小学、工人新村小学等五所小学内上课。
1977年校本部教学楼建成后全部回校上课。
1983年兴建教学实验大楼一栋，建筑面积为15000平方米。
1997年被确认为南京市重点中学和省德育先进学校。
1997年在市教委及鼓楼区政府的关心与支持下，校舍进行了整体改造，翻建教学楼两栋，建筑面积6500平方米。
1999年9月新建了塑胶操场及200米跑道，完善学校设备设施。
1999年6月，因鼓楼区教育局调整，原十六中校舍及78位教师划归南京五十中，原十六中校址成为南京五十中分部。
2003年分部迁至原模范马路小学校址。
2004年，经江苏省教育厅批准，南京市第五十中学成立“中加班”国际教育部，与加拿大安大略省联合办学。
2005年3月，南京五十中高中部、南京田家炳中学高中部与南京二中合并为“南京田家炳高级中学”，校址位于原南京二中。五十中、二中与八中成立“南京工业大学附属中学”，分别设立五十中校区、八中校区与高中部。
2006年7月，鼓楼区学校布局重新调整，八中校区、五十校区合并为一所完全独立的学校,即南京工业大学附属中学。分设为南京鼓楼区司背后12号五十中校区(含福建路五十中分部)和南京萨家湾46号八中校区，全校在职工320余名，离退休教职工310名。
2010年7月，鼓楼区学校布局再次调整，五十中与八中各自独立办学，恢复原校名。 占地面积15290平方米，建筑面积16690平方米，共有38个教学班，有近1600名学生。
