马尔堡病毒的病理影响广泛，几乎涉及除横纹肌、肺和骨骼以外的所有器官。肝脏和肾脏受到的损害最为严重，表现为肿大且颜色深沉，肝脏易碎，切开时会有大量浅黄色血液流出。脾脏也显示出明显的充血，滤泡消失，髓质变得柔软且类似粥糊，其中充斥着巨噬细胞。红髓部分出现坏死，伴随淋巴组织破坏，淋巴细胞数量显著减少。肝细胞出现变性和坏死，常见透明变性，库普弗细胞（枯否细胞）肿胀，充满细胞残渣和红细胞，窦状隙则充满细胞碎屑。门静脉间隙内的单核细胞聚集，但当肝细胞损伤达到高峰时，再生现象也可见到。肺部的损害相对较少，仅限于局部出血和小动脉内膜炎。
神经系统也受到影响，病变主要集中在脑神经胶质细胞，包括星状细胞、小神经胶质细胞和少突胶质神经细胞。病理改变分为两种：一是增生性，表现为胶质结节和玫瑰花状结构；二是变性，表现为核固缩和核破裂。在脑实质中，出血斑点广泛存在，同时伴有普遍的脑水肿症状。
这是又一种致命性病毒。同义名：绿猴病病毒，绿猴因子。