1、学校不同
香港大学（The University of Hong Kong），简称为港大（HKU），是一所位处中国香港特别行政区的公立研究型大学。
香港中文大学（The Chinese University of Hong Kong），简称港中大（CUHK）香港中文大学由三所中文专上学院（新亚书院、崇基学院、联合书院）年合并组成。
2、院系设置不同
香港中文大学根据2019年4月学校官网，学校设有8个学院：文学院、工商管理学院、教育学院、工程学院、法律学院、医学院、理学院和社会科学院，开设多个主修、副修和双学位学士课程。此外，学校还与北京大学、清华大学、日本早稻田大学等高校合办多个本科及硕士课程。
香港大学截至2019年，香港大学下设10个专业学院，另有研究学院、专业进修学院、数码港学院等数十个独立机构。
3、成立时间不同
香港中文大学由新亚书院、崇基学院及联合书院于1963年合并而成；1966年，成立香港首所研究院；1976年，整合不同书院的学系，由大学统一负责；1986年，全面检讨课程结构，改用学分制，并加强通识教育；1998年，率全港之先录取内地本科生；2014年，香港中文大学（深圳）成立。
香港大学奠基于1910年3月16日，次年3月30日正式注册成立，其前身为香港西医书院，是香港历史最悠久的高等教育机构。
香港中文大学与香港大学成立背景：
香港中文大学：1949年，中国政治发生巨变，由于大批难民涌入，香港人口暴涨，令香港对中文授课教育的需求激增，对香港高等教育构成沉重压力。另一方面，亦为香港带来了大批出色的内地学者和教育家。他们在资源匮乏的情况下开办不少“难民学校”，讲授专上程度的课程，协助南来及本地青年继续学业。
其后中文大学的三所成员书院（新亚书院、崇基学院、联合书院）就是在这一时期孕育出来的。
香港大学：香港大学是香港第一所大学，由1887年成立的香港西医书院及香港官立技术专科学校合并而成，于1911年在香港岛正式创立；中华民国国父孙中山先生为香港西医书院首届毕业生。
当时西方列强争相在中国成立大学，时任港督卢押认为英国同样需要在香港设立一所大学，一为与其他列强竞争，二来让中国人（尤其是香港人）认同英国的价值观，抗衡其他列强文化理念，便于英国向华南拓展势力、巩固其在整个香港的统辖管治。
清政府两广总督和省港工商界亦觉得成立大学有助中国人学习西方的科技，使中国自强，遂默许并予以支持。恰又逢当时太古集团辖下的一艘货船发生工业意外事故，导致多名中国船员伤亡，管理层急欲修补公司形象，便一同捐款资助成立港大。
在英国政府和其他香港英资（如汇丰银行）支持下，卢押最终筹得足够资金筹建大学，于1910年3月16日主持大学的奠基仪式。