一、 项目设置 定额：现行预算基础定额的项目一般是按施工工序、工艺进行设置的，定额项目包括的工程内容一般是单一的。 清单：工程量清单项目的设置是以一个“综合实体”考虑的 ，“综合项目”一般包括多个子目工程内容。
二、定价原则 定额：按工程造价管理机构发布的有关规定及定额中的基价定价。 清单：按照清单的要求，企业自主报价，反映的是市场决定价格。
三、 计价价款构成 定额：定额计价价款包括分部分项工程费、利润、措施项目费、其它项目费、规费和税金，而分部分项工程费中的子目基价是指为完成《综合定额》分部分项工程所需的人工费、材料费、机械费、管理费。子目基价是综合定额价，它没有反映企业的真正水平和没有考虑风险的因素。
清单：工程量清单计价款时指完成招标文件规定的工程量清单项目所需的全部费用，即包括：分部分项工程费、措施项目费、其它项目费、规费和税金，完成每项工程内容所需的全部费用（规费、税金除外），工程量清单中没有体现的，施工中又必须发生的工程内容所需的费用，考虑风险因素而增加的费用。
四、单价的构成 定额计价采用定额子目基价、定额子目基价只包括定额编制时期的人工费、材料费、机械费、管理费，并不包括利润和各种风险因素带来的影响。 工程清单采用综合单价，它包括人工费、材料费、机械费、管理费和利润，且各项费用均由投标人根据企业自身情况和考虑各种风险因素自行编制。
五、价差调整 定额按工程承发包双方约定价格与定额价对比，调整价差。 清单按工程承发包双方约定的价格直接计算，除招标文件规定外，不存在价差调整问题。
定额与清单的工程风险
工程量由投标人计算和确定，差价一般可调整，故投标人一般只承担工程量计算风险，不承担材料价格风险。 招标人编制工程量清单，计算工程量，数量不准会被投标人发现并利用，投标人要承担差量的风险，投标人报价应考虑多种因素，由于单价通常不调整，故投标人要承担组成价格的全部因素风险