法律分析：1、首先，到税局大厅或税管员处领取三方协议纸质协议，一式两份。
2、其次，登录国税局网上电子税务局，在左边的导航栏选择“网签三方协议”。
3、然后，进行身份验证，验证不通过按要求需要先提交“纳税人存款账户报告表”。
4、验证通过后，点击下一步，验证身份信息，输入经办人姓名、电话，取得验证码填入。
5、然后，获取签约账户信息，右下角的选项可以直接获取,无需自己输入，完成后点击下一步，会得到一组协议号码，将其填入纸质三方协议中指定的位置。
6、最后，带着纸质三方协议到开户银行，在对公窗口办理新增三方协议业务，之后再次登录税务局，进入三方协议，点击查询，选择账号进行验，通过后就可以正常扣税了。
法律依据：《国家关于高校毕业生就业的规定》 第二十四条 经供需见面和双向选择后，毕业生、用人单位和高等学校应当签订毕业生就业协议书，作为制定就业计划和派遣的依据。未经学校同意，毕业生擅自签定的协议无效。