隆安三年（公元399年），东晋执政者司马元显（司马道子之子）征调因三吴门阀免除官奴身份而成为佃客的广大民众到建康（今江苏南京）以充实兵员，称作“乐属”。此举激起当地门阀的愤怒不满；孙恩乘着人心不稳，率众乘机进攻上虞（今浙江上虞）并杀上虞县令，随后攻克会稽（今浙江绍兴），会稽内史王凝之被杀，孙恩部众增至数万人。当时会稽郡、吴郡、吴兴郡、义兴郡、临海郡、永嘉郡、东阳郡及新安郡皆有人响应孙恩叛变，三吴八郡于是一时皆叛，孙恩部众亦增至数十万人。 当时郡县官员大多不是被杀就是弃郡逃亡，孙恩于是据守会稽，自号征东将军，为其党众改了个称号为“长生人”，并宣令诛杀异己，连婴孩也不放过，于是大量人死亡。朝廷内外戒严，遣徐州刺史谢琰与镇北将军刘牢之前往镇压，孙恩在得八郡响应下原打算攻陷建康推翻东晋，知道刘牢之兵临钱塘江时就打算割据会稽，以钱塘江与东晋分庭抗礼； 不久刘牢之渡江，孙恩被逼率其所虏略的二十多万民众撤回海岛。当时孙恩在逃走时故意沿途留下虏劫得来的财宝器物以及年轻男女，争取刘牢之追军争相抢夺的时间以便逃亡。
隆安四年（公元400年）五月，孙恩率部众攻浃口（今镇海口），入余姚，破上虞，抵山阴县北之邢浦，被谢琰参军刘宣之击退后不久再度进军邢浦，并逼近会稽，守城的谢琰出战但战死。孙恩及后转攻临海。谢琰战死令朝廷大惊，派了桓不才、孙无终和高雅之领兵镇压。十一月，孙恩在余姚大败高雅之，但刘牢之及后却击败孙恩，孙恩再度逃入海岛。 元兴元年（公元402年）三月，桓玄消灭司马道子父子的势力，执掌朝政，孙恩乘时再度来攻，但进攻临海郡时被太守辛昺击败，孙恩屡次来侵所掳掠的三吴士民经上年大败给刘裕和此战后，至此死亡殆尽，仅余数千人。孙恩害怕被朝廷俘获，于是投海自尽，数百名他的妓妾和信奉他的部众皆随之而死， 孙恩更被其信众称为“水仙”。 孙恩死后，其妹夫卢循率领余众坚持斗争，直到义熙七年（411年）才被东晋剿灭。
