方秀才在医学领域取得了显著成就，担任多项重要职务。他是中华医学会消化病学分会胃肠动力学组的副组长兼秘书，同时是国际神经胃肠病学与动力研究组(ISNM) 国际指导委员会的成员。他担任多个知名医学杂志的编委，如Digestive Diseases and Sciences和胃肠病学。
在学术贡献方面，他负责了“中国慢性便秘的诊治指南（2007）”的修订工作，并积极参与了“中国肠易激综合征诊断和治疗的共识意见（2007）”和“中国消化不良的诊治指南（2007）”的修订。目前，他负责主持两项国家级科研课题。
在科研成果上，过去五年间，他已经发表了32篇文章，其中7篇被收录于SCI期刊。他还是多部医学著作的重要译者和主编，如《罗马III：功能性胃肠病》的主译，以及《肠易激综合征诊断和治疗》和《胃肠急症学》的主编。他曾多次获奖，包括北京市优秀教师、赛克勒中国医师年度奖、院校优秀共产党员、美国动力协会青年研究者奖、中华医学科技奖和北京市科学技术奖二等奖。
在业务专长上，方秀才专注于功能性胃肠病和胃肠动力性疾病的研究，包括假性肠梗阻、慢性便秘、肠易激综合征、胃食管反流病，以及功能性胃肠病与精神心理障碍的结合，以及直肠癌术后排便障碍等问题的诊治。
作为北京协和医院住院医师培训项目的负责人，他的专业能力和贡献在业界得到了广泛的认可。