博尔塔拉蒙古自治州的企业专项补助资金管理有着严格的监督机制。首先，第十七条指出，州、县（市、口岸）财政部门会不定期对专项资金的拨付和使用进行核查，确保其合规。项目管理部门同样会定期检查项目执行情况，对资金使用不合规的企业，连续两年将被禁止申报项目资金。
绩效管理是关键环节，第十八条强调，自治州财政局和各项目管理部门、承担单位需按照年度绩效考评要求，确保专项资金的高效使用。这要求企业对项目的完成情况和资金使用进行详细报告，项目未按时完成的，需提前书面说明延期理由和预计完成时间。
为了确保资金使用的透明度，第二十条规定，自治州财政局和项目管理部门可以委托第三方中介机构进行抽查审计，以保证资金使用和项目建设的准确性。
对于任何违反专项补助资金管理规定的单位和个人，第二十一条明确规定，将严格执行《财政违法行为处罚处分条例》（国务院第427号令）进行处罚，并追究相关责任人员的责任，以维护资金使用的严肃性和公正性。
《博尔塔拉蒙古自治州企业专项补助资金管理暂行办法》经博尔塔拉蒙古自治州第十二届人民政府第35次常务会议研究同意，2011年9月20日博尔塔拉蒙古自治州人民政府办公室印发。该《办法》分总则、项目的申请、项目的审核、项目资金拨付、监督检查、附则6章24条，自发布之日起施行。