抗战胜利以后，随着内战的爆发，“京市铁路”的运营也举步维艰，陷入了困境。1948年6月，南京市民俞洪声曾写信给市参议会，提议撤废“京市铁路”
此后不久，“京市铁路”发生的一起重大事故竟然还惊动了时任国防部预备干部局局长的蒋经国。原来，有个青年在坐火车途经金川门时，不幸跌落车下，被火车碾压致死，事故发生后，竟然无人问津，引起极大民愤。可巧的是，死者的哥哥与蒋经国是同学，碍于同窗情谊，蒋经国便亲自写信给当时的南京市市长沈怡，要求妥善处理。
信的前半段转述了事故的经过，后半部分则是要求市长出面责成有关部门妥善处置。言辞尚属恳切，要求也无不当，还流露出这位踌躇满志的“王储”治国安邦的雄图大志。仔细剖析信上收件人的批复，其中还暗藏玄机，沈怡在用红铅笔所作的批示中称：“齐处长查明办理并即代拟复。”其奥妙在于“代拟复”三个大字。看得出，沈市长并不屑搭理这个“王储”。在这起事故中，蒋经国只看到事故的表象，却没看到其中的根源。 1949年4月23日中午，不少南京市民听到下关方向传来一声巨响，原来是下关站发生爆炸。
李庆祥、周锦云、王道三人是“京市铁路”下关站的工役，据他们回忆，在23日早晨，车站曾接到南京总站的电话，命令所有车站员工限时离开，三人接到命令后便立即离去。中午11时左右，下关站内传出轰然巨响，车站被炸毁，周边房屋也被波及，虽未倒塌，但已全部倾斜。
原来，就在国民党各路人马大举向南逃窜时，蒋介石下达命令毁坏一切交通站点。特务头子毛人凤指挥安放炸药，炸药放置的地点多为铁路、桥梁、码头等，下关站就是其中之一。
这起爆炸案是由蒋军一个工兵营长带领一班士兵执行的。他们首先引爆了车站内装甲车上的炸药，随即车站里提前埋放好的大量炸药也相继爆炸。就在“轰隆”一声巨响后，刚刚装潢好的号称“国门”豪华型车站，瞬间墙倒楼塌，八辆火车头和仓库里存放的一批昂贵设备全被炸毁，车站顶棚也被炸开一个巨大的窟窿，至此，“京市铁路”彻底瘫痪。
