三本毕业证书和二本没有什么区别。
第三批本科（the third batch of undergraduate）简称“三本”，是指中国大陆高等教育本科层次录取批次和录取顺序排在第三批次。三本院校的招生是根据参加全国统一高考录取的方式进行的。 一本、二本、三本都属于“普通高等学校”教育系列，学制为四年，毕业证书和学位证书都是“普通高等学校”教育证书。
三本院校包括：
1、独立学院==独立二级学院（公、民合办，民企出资，属于民办范畴）。
2、民办普通本科高校。（私办、私人出资）。
3、合作办学本科高校。（属于民办范畴）。
以上内容参考百度百科——三本