子宫内膜薄的原因分为全身因素和局部因素。全身因素有内分泌失调，如雌激素水平偏低、孕激素不足、排卵障碍和生长激素缺乏等;局部因素主要是内膜损伤，粘连和缺如等。单纯内分泌因素造成的子宫内膜薄。
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内分泌严重失调会导致女性体内激素失衡，子宫内膜会出现周期性变化紊乱，导致子宫内膜变薄。子宫内膜是构成子宫内壁的一层，会随着性周期发生变化，对动情素和孕激素期反应，动情素会引起子宫肥大，孕激素可促使子宫内膜发生特殊的妊娠初期变化，或改变子宫内膜性质，使之有产生脱膜的能力。
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人工流产是导致子宫内膜薄的常见因素，子宫内膜的基底层是子宫内膜功能脱落后再生的重要支持，女性多次做流产手术，并且人流手术中刮宫过于用力，都容易导致子宫内膜基底层受到损伤，导致再生功能下降或无法再生，从而造成子宫内膜薄。
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子宫发育畸形导致子宫内膜薄比较少见，因此长期以来都容易被人们所忽视，这种情况多是由于子宫在发育时受到某些因素的影响导致子宫发育畸形，子宫内膜跟着发生异变，从而导致子宫内膜变薄的现象出现。