这个问题真的是见仁见智，一百个人可能有一百种回答，首先要对题目中的“最强”“武士”进行定义，在严格标准下筛选出最佳人选。
我在这里列举出有可能入围的人选，全看题主的个人倾向。
本多忠胜。
德川四天王之一，德川家康的家臣。
据说一生经历过57次合战，但未曾负伤一次 。
前田庆次。
因为《花之庆次》而出名的战国武将， 在漫画中被塑造成一个身高丈六尺五寸（197cm）的大汉 ，但实际上关于其生平的史料不多，许多事迹多为传说性质。
宫本武藏。
就是题主提到的人， 江户时代初期有名的兵法家、剑豪。
无任何家学全靠自身才能白手起家，创立了“二天一流”。
据说一生与人比剑未曾输过 ，但这一情报来自于其自著的《五轮书》这部书，可信度要打个折。
柳生宗严。
即 柳生石舟斋，新阴流第二代人物。
在德川家康面前展示过“无刀取”的技术，得到好评 ，要求他作为剑术老师出仕江户幕府，但被拒绝。
足利义辉。
第十三代室町幕府将军，自上泉信纲等人受到剑术的指导， 据说冢原卜传将奥义“一之太刀”传授给他。
被松永久秀袭击的时候，曾用足利家秘传的太刀进行战斗 ，据说刀砍人的时候都被砍钝了，换了好几次刀，最终寡不敌众被杀。
被誉为“ 剑豪将军 ”。
北畠具教。
伊势地区的战国大名北畠家第七代当主。
具教在剑术上颇有天赋，曾随冢原卜传学剑。
被织田信长派出的刺客所困的时候，据说曾孤军奋战杀掉19人，让100人负伤 。
其他的还有很多，比如源义经、真田幸村（日本第一的兵，兵也是武士的意思）等等，广为人知，就不在这里介绍了。
个人觉得要选最强的话，还是限定一下时代比较好。
比如源义经这种时候的战法、战术和战国时代差得实在太远，完全没有可比性。
非要说个人喜欢的话，可能会选真田幸村。