一、员工工资表中有迟到扣款账务处理方法有两种：
1、扣除这部分钱在工资表中体现，具体会计分录如下：（不考虑养老保险及个人所得税）
借：应付职工薪酬（实发工资金额+扣除部分）
贷：营业外收入扣除部分
现金实发金额
2、做工资的初期已将罚款部分扣除，这种情况一般不需要在工资表上体现，也不需要再做账务处理。
二、关于罚款的限额，也有度的限制，每月扣除的部分不得超过员工当月工资的20%，若扣除后的剩余工资低于当地最低工资标准，则按最低工资标准支付。
《劳动合同法》
第十九条劳动合同期限三个月以上不满一年的，试用期不得超过一个月；劳动合同期限一年以上不满三年的，试用期不得超过二个月；三年以上固定期限和无固定期限的劳动合同，试用期不得超过六个月。
扩展资料：
企业按照有关规定向职工支付工资、奖金、津贴等，借记"应付职工薪酬"，贷记“银行存款”、“库存现金”等科目。
企业从应付职工薪酬中扣还的各种款项（代垫的家属药费、个人所得税等），借记本科目，贷记“其他应收款”、“应交税费——应交个人所得税”等科目。
企业向职工支付职工福利费，借记本科目，贷记“银行存款”、“库存现金”科目。
企业支付工会经费和职工教育经费用于工会运作和职工培训，借记本科目，贷记“银行存款”等科目。
企业按照国家有关规定缴纳社会保险费和住房公积金，借记本科目，贷记“银行存款”科目。
企业因解除与职工的劳动关系向职工给予的补偿，借记本科目，贷记“银行存款”、“库存现金”等科目。
参考资料来源：