万州，历史悠久，以“万川毕汇”、“万商毕集”而得名。
夏商属梁州地，周属巴子国，秦属巴郡朐䏰县。
东汉，建安二十一年（ 216 ），刘备分朐䏰地置羊渠县，为万州建县之始；蜀汉建兴八年（ 230 ），省羊渠置南浦县。
南北朝，西魏废帝二年（ 553 ），改南浦为鱼泉县；北周先改鱼泉县为安乡县，后又改万川县，与南州和万川郡同治。
隋朝，开皇十年（ 598 ），废万州郡，改万川县为南浦县，与南州同治；炀帝大业三年（ 607 ），省南州、南浦县归属巴东郡。
唐代，武德二年（ 619 ）置南浦郡，领梁山、南浦、武宁 3 县；武德八年改南浦郡为浦州；贞观八年（ 634 ）改浦州为万州；天宝元年（ 742 ）改万州为南浦郡；乾元元年（ 758 ）恢复万州，仍与南浦县同治。
宋朝，沿循唐制。
元代，世祖至元二十的年（ 1283 ），省南浦县入万州，领武宁一县。
明朝，洪武四年（ 1371 ），并武宁县入万州，洪武六年（ 1373 ）降万州为万县。
清代，沿循明制。
民国二十四年（ 1935 ），设万县专区。
中华人民共和国成立后，于1992 年设万县市，辖龙宝区、天城区、五桥区、开县、梁平县、忠县、云阳县、奉节县、巫山县、巫溪县、城口县3区8县。
1997年，重庆恢复中央直辖市，撤万县市，设万县移民开发区和万县区。
1998年5月22日，国务院（国函[1998]37号）批准同意万县区更名为万州区，万县移民开发区更名为万州移民开发区。
（万州区仍辖龙宝管委会、五桥管委会、天城管委会）[2]
2000年6月25日，国务院（国函[2000]88号）批准同意撤销万州移民开发区，原万州移民开发区代管的忠县、开县、云阳县、奉节县、巫山县和巫溪县由重庆市直辖。
同时，龙宝管委会、五桥管委会、天城管委会更名为龙宝移民开发区、五桥移民开发区、天城移民开发区，仍由万州区管辖，共32个镇、45个乡、14个街道，1277个居委会、村委会。
[2]
2005年4月，重庆市委、市 *** 决定撤销龙宝、天城、五桥3个移民开发区，由万州区直接管理镇乡、街道，辖13个乡、28个镇、11个街道，总人口168万人，主城区人口53万，幅员面积3457平方千米。
2005年6月24日，国务院（国函[2005]55号）批准同意重庆市万州区人民 *** 驻地由太白岩街道迁至陈家坝街道