热带雨林气候：马来群岛大部和马来半岛南部，全年高温多雨，农作物随时可以播种，四季都有收获；热带季风气候：中南半岛和菲律宾群岛的北部，全年高温，有雨旱两季，雨季播种，旱季收获。
东南亚是亚洲纬度位置最低的地区，绝大部分地区位于25°N-10°S之间，且位于亚欧大陆的东南部，多岛屿和半岛，这决定了本区的气候。
中南半岛的南部和马来群岛的大部分地区，位于赤道附近，常年受赤道低气压带的控制，盛行上升气流，多对流雨，形成热带雨林气候。该气候终年高温多雨，年平均气温在20℃以上，月平均降水量大于150mm，年降水量在2000mm以上，农作物的播种和收获不受季节影响。
中南半岛大部分地区受海陆热力性质差异和气压带风带季节性移动的影响，形成热带季风气候。该气候全年高温，年平均气温也在20℃以上，但降水有明显的季节变化，分为旱、雨两季：6-10月为雨季，盛行来自海洋的西南季风，降水多;11月至次年5月为旱季，盛行来自大陆的东北季风，降水少。受季风的影响，农作物在雨季播种、旱季收获。
东南亚雨热充沛的气候，对水稻和热带经济作物的生长十分有利，使该地区成为世界最大的热带经济作物产区、重要的稻米生产区和出口区，稻米是本地区各国居民的主要粮食，同时还有丰富的森林资源。
中南半岛大部分地区为水稻种植业，其中泰国是世界最大的稻米出口国，泰国香米以其优良的品质广泛销往五大洲的100多个国家和地区，越南、缅甸也位居世界稻米出口国前列。
马来群岛则广泛分布着热带种植园农业，盛产橡胶、油棕、蕉麻、椰子等热带经济作物，其中印度尼西亚是世界上最大的椰子、金鸡纳霜和木棉生产国，马来西亚是世界上最大的油棕和橡胶出口国，菲律宾是世界上最大的蕉麻和椰子出口国。
热带气候为东南亚地区农业生产创造优越条件的同时，也带来较为严重的灾害。受季风气候不同年份夏季风强弱、降水季节分配不均匀和热带风暴的影响，东南亚地区频繁受到旱涝灾害的影响。联合国的一项研究报告显示，东南亚部分地区同时面临着洪灾、旱灾和热带风暴等多重自然灾害的威胁。
事实上，多种气象灾害已经给东南亚农业生产造成了严重的损失。在泰国，特别是泰国北部和东北部地区，每年都会出现严重的水灾。
而在菲律宾，上世纪70年代中期至2002年期间，农业损失高达数千万美元，这对至今仍有大量人口生活在贫困线边缘的菲律宾来说是个不小的经济损失；2009年9月下旬至11月初，台风“凯萨娜”、“芭玛”、“银河”先后袭击菲律宾，强风和暴雨严重破坏菲律宾国内的农业和基础设施，造成了巨大的农业损失。
又如，2005年，东南亚多个国家暴发旱灾，泰国、越南、柬埔寨、老挝和印尼等国因灾导致的经济损失达数亿美元。