郭秉文在创办南高师时,提出了独特的办学理念,强调学者治校、学术自由以及学生自治的原则。当他接手国立东南大学后,他进一步深化了这些理念,提出了四个关键的办学方针:
国立东南大学是1920年至1927年在中国南京办学的一所综合性大学,是当时中国长江以南唯一的国立大学,为中国高等教育的两大支柱之一。1920年由时任南京高等师范学校校长郭秉文等人联合创建。在中国大学中最早设立了生物系(秉志)、地学系(竺可桢)、数学系(熊庆来),1923年南高师正式并入后学校设置5科28系,学科之齐全居全国之首,被誉为当时中国东南地区的最高学府。1927年北伐军攻占南京后学校整合改组为国立第四中山大学,后经过国立江苏大学、国立中央大学、国立南京大学等历史时期,于1950年更名为南京大学。