根据上述职责，省食品药品监督管理局内设15个处级职能机构：
（一）办公室（应急管理处、机关工会）。
制定并组织实施内部管理规章制度；起草和审核有关综合性文件和重要报告；负责会议组织、秘书事务、文电处理、信息综合、文书档案管理和机要保密、政务公开和信息化建设工作；负责机关后勤保障等工作；负责固定资产管理和政府采购工作；承担信访、机关工会、妇女和计划生育工作；负责食品药品安全科普宣传、新闻发布、宣传报道和信息发布工作；负责应急工作的统筹协调。
（二）食品综合协调处。
承担省食品安全委员会办公室日常工作，以及省直有关部门和市县人民政府履行食品安全监督管理职责的考核评价工作。指导市县食品安全综合协调机构相关工作；负责食品安全综合信息发布工作；协调、指导食品安全突发事件和舆情信息的处置工作；组织开展食品安全风险预警和监测工作；起草食品安全的重要文稿。
（三）组织人事处（机关党委、机关团委）。
负责局机关及所属事业单位的机构编制、人事管理、纪检监察、党群、老干部服务和干部队伍建设工作；指导食品药品从业人员培训工作；负责执业药师施教机构资质管理工作；负责食品药品科研机构资格审核和专业技术人员职称评定与管理工作；组织、开展食品药品监督管理方面的对外交流与合作。
（四）财务审计处。
制定并组织实施局机关及所属事业单位财务管理规章制度；按照有关规定管理局机关及所属事业单位财务工作；监督管理基建资金和中央补助地方食品药品监督管理部门公共卫生专项资金使用，对所属事业单位财务工作进行指导、监督和内部审计；承担综合统计工作。
（五）政策法规处。
拟定食品、药品、医疗器械、化妆品等地方性法规规章、规划计划，并监督实施；承办行政复议、听证、应诉、规范性文件法核等工作；监督检查本系统法律法规、规章的执行情况；负责本系统普法教育工作；组织开展综合性调研和规划制订工作；指导全省食品药品监督管理机构的依法行政和法制建设。
（六）食品生产监督管理处。
承担全省生产环节食品安全监督管理工作。负责制订生产加工环节食品行政许可和质量安全监督管理办法，并组织实施；掌握分析生产环节食品安全形势、存在问题并提出完善制度机制和改进工作的建议，督促下级行政机关严格依法履行监督管理责任，及时发现、纠正违法和不当行为。监督问题产品召回和处置；负责食品生产环节食品安全事故的应急处理工作。
（七）食品流通监督管理处。
承担全省流通环节食品安全监督管理工作。负责制订食品流通环节食品行政许可和质量安全监督管理办法，并组织实施；掌握分析流通环节食品安全形势、存在问题并提出完善制度机制和改进工作的建议，督促下级行政机关严格依法履行监督管理责任，及时发现、纠正违法和不当行为；负责食品流通环节食品安全突发事件的应急处理工作。
（八）餐饮食品监督管理处。
承担全省餐饮服务环节食品安全监督管理工作。负责制定餐饮服务环节食品行政许可和质量安全监督管理办法，并组织实施；监督执行餐饮服务环节食品安全管理规范；组织开展餐饮服务环节食品安全执法监督检查，掌握分析消费环节食品安全形势、存在问题并提出完善制度机制和改进工作的建议，督促下级行政机关严格依法履行监督管理责任，及时发现、纠正违法和不当行为；指导协调全省重大活动餐饮食品安全保障工作；承担餐饮服务环节食品安全状况调查和监测工作，负责餐饮服务环节食品安全突发事件的应急处理工作。
（九）药品生产监督管理处。
承担药品生产监督管理工作，负责药品委托生产行政许可。组织实施药品生产质量管理规范；审核本省国家基本药物目录；组织实施药品生产企业药品分类管理制度，开展药品不良反应监测、再评价和淘汰工作；负责药品生产、医疗单位制剂的许可核准；依法监管麻醉药品、精神药品、毒性药品、放射性药品、药品类易制毒化学品；负责生产环节药品质量突发事件的应急处理工作。
（十）药品流通监督管理处。
承担药品流通监督管理工作；负责药品经营许可的核准和监督管理；组织实施药品经营质量管理规范；监督实施药品流通分类管理制度和药品召回制度；依法监督医疗机构的药品质量管理和使用；负责流通环节药品安全突发事件的应急处理工作。
（十一）药品化妆品与医疗器械注册管理处（黎药监管处）。
监督实施国家药品标准和药用辅料标准，承担药品、直接接触药品的包装材料和容器、药用辅料、医疗机构制剂注册工作，负责办理第二类医疗器械产品注册和部分化妆品注册并承担相应责任；负责药品再注册以及不改变药品内在质量的补充申请行政许可，负责国产第三类医疗器械不改变产品内在质量的变更申请行政许可以及进口非特殊用途化妆品行政许可；贯彻实施中药品种保护制度；监督实施药物非临床研究、药物临床试验质量管理规范；拟定并监督实施本省医疗机构制剂、黎药、中药材和海洋药物地方标准；优化注册和行政许可管理流程，组织实施分类管理。
（十二）保健食品与化妆品监督管理处。
承担保健食品许可和注册管理工作；监督实施保健食品、化妆品标准及技术规范和生产经营管理规范；监督保健食品、化妆品召回工作；组织开展保健食品、化妆品监测与评价及其体系建设工作；负责保健食品与化妆品质量突发事件的应急处理工作。
（十三）医疗器械监督管理处。
承担医疗器械生产和流通的行政许可核准工作；监督实施医疗器械质量管理规范；监督实施医疗器械产品召回制度；组织开展医疗器械不良事件监测、再评价和淘汰工作；负责医疗器械质量突发事件的应急处理工作。
（十四）科技信息处。
组织实施食品药品监督管理重大科技项目；推动食品药品现代化科技监管体系建设；参与拟订药品、医疗器械、化妆品标准以及直接接触药品的包装材料和容器产品目录、药用要求、标准，参与拟订食品安全标准。
（十五）行政审批办公室。
制定并组织实施食品药品行政许可审批的规章制度和办事流程；办理食品、药品、医疗器械、化妆品安全管理的行政许可受理和审批事项；办理食品、药品、医疗器械、化妆品的广告的审批和备案工作；负责办理执业药师注册工作；指导市县食品药品监督管理机构行政许可审批工作。
