商务部对外投资和经济合作司的主要职能主要包括以下几个方面：
负责组织和协调实施“走出去”战略，指导和管理各类对外投资活动，如境外加工贸易、研发合作、资源合作、承包工程以及劳务合作，包括公民出境就业等。
草拟对外投资和经济合作的法律法规，制定相关规章和保障、监管制度，提出促进政策建议，制定并实施业务发展战略和规划。
依法审批境内企业的对外投资（金融类除外），实施监管，设定资格标准和管理办法，确保对外投资和经济合作的有序进行。
监测和分析对外投资和经济合作的运行情况，制定和完善相关统计制度，确保数据准确和及时。
统筹重大项目规划布局，提出支持政策，协调项目实施，确保项目的有效实施和国家利益的维护。
负责对外投资综合绩效评价、企业分级分类管理，以及对外劳务合作企业的信用等级评价工作。
开展对外交流与合作，建立多双边机制，推进政府间项目的谈判和实施，同时关注重点产业和企业的海外发展。
参与境外安全保护和突发事件处置，负责外派劳务权益保护相关工作，确保海外人员权益的保障。
指导和协调境外经济贸易合作区的建设，推动区域合作与发展。
负责优惠出口买方信贷相关事务，促进国际贸易的顺利进行。
组织和管理对外投资和经济合作的培训工作，推动促进工作的开展。
最后，司内还承担部领导交办的其他重要任务。