对于早期肝纤维化，通过血液化验、B超或CT或MRI检查一般难以发现。但是通过肝穿刺检查，可以对肝脏纤维化和早期、静止或尚在代偿期的肝硬化进行精确诊断，并协助明确肝硬化病因，区分是肝炎后肝硬化，还是酒精性肝硬化，或肝脏代谢性疾病以及是否伴有活动性肝炎等。
6治疗前后肝活检组织病理变化是评判药物治疗效果的可靠指标，治疗前如能进行肝穿刺，根据肝组织炎症活动程度，有选择性和针对性地应用抗病毒药物，将明显提高疗效。另外，我们发现有些肝炎患者病史多年，但经肝穿刺病理观察炎症非常轻微，用GS系统评价只G1-G2，达不到抗病毒治疗的标准，此时可临床观察，不必花不必要的钱来抗病毒，况且，任何药物都要经肝代谢，增加了肝脏负担。
7肝穿刺可发现肝组织的病变情况，为病情变化、预后的判断提供客观依据。重型肝炎的严重性与肝细胞坏死的程度有直接的关系。通过肝穿刺，如病理显示肝组织以肝细胞水肿为主，则病情较轻，预后较好，病死率较低；如以肝细胞坏死为主，且正常肝细胞残存率较低，则病情严重，预后较差，病死率高。
8病人出现了黄疸现象，病史、临床实验室检查、影像学检查后，仍不能确定黄疸的病因时，通过肝穿刺活检可以确定黄疸是肝细胞性黄疸，或是胆汁淤积性所致，是病毒性还是药物性，还是胆红素代谢障碍引起。通过肝穿刺明确病因，指导治疗，了解预后。