朱熹约集了建宁知府韩元吉和著名历史学家、建安（今福建建阳县）人袁枢等前来庆贺。韩元吉写了《武夷精舍记》。袁枢贺诗（清·董天工《武夷山志》卷十）曰：
本是山中人，归来山中友。
岂同荷蓧老，永结躬耕耦。
浮云忽出岫，肤寸弥九有。
此志未可量，见之千载后。
诗人陆游也驰函祝贺，并寄贺诗四首（宋·陆游《剑南诗稿。寄题朱元晦武夷精舍四首》），其中两首为：
先生结屋缘岩边，读易悬知屡绝编。
不用采芝惊世俗，恐人谤道是神仙。
山如嵩少三十六，水似邛郲九折途。
我老正须闲处看，白云一半肯分无。
精舍落成之后，朱熹怀着喜悦的心情，写了《精舍杂咏十二首》，并撰写诗序，以记其盛况。此后，他即在此广收门徒，著书讲学，长达五年之久，栽培了大量学生。朱熹的理学思想就传播开来，从而形成了一个有力量、有影响的学派。当时，一些著名的学者如蔡元定、刘火仑、黄干、詹体仁、真德秀、李闳祖和叶味道等人，都曾就学于武夷精舍。之后，一批理学名家相继在武夷山中和九曲溪畔择地筑室，读书讲学，有的还以“继志传道”为己任。如刘火仑的“云庄山房”、蔡沈的“南山书堂”、蔡沆的“咏雪堂”、徐几的“静可书堂”、熊禾的“洪源书堂”等先后出现在武夷。所以，武夷山在南宋时期已成为祖国东南的一座名山，后人称之为“道南理窟”。
朱熹逝世之后，武夷精舍备受封建统治者的重视，历代都曾加以修建。南宋末，经扩建后改为紫阳书院，由官府拨给公田，以供养学者。此后，直到明正统十三年（1448年），才改为朱文公祠，奉祀朱熹的神主，并以黄干、蔡元定、刘火仑、真德秀配享祭祀。明正德十三年（1518年）巡按御史周鵷清、军御史及佥事肖乾元协力檄令县令王和重葺修，辟地百余丈，绕以围垣。前竖牌坊，匾上镌刻“武夷书院”。沿着牌坊稍进有楼五楹，名叫高明楼，正中大堂也有楼五楹，两庑各六间堂斋。全部构筑轩雅宏丽，并曾置田百亩作为祀事及修缮费之用，旁边又建屋数间，择朱子后裔一人世居管理。明万历年间，少司马陈省寓居武夷云窝时也曾修缮过武夷书院。这里有一段饶有兴味的佳话，说是当时书院倾颓，有士人题诗于壁云：“紫阳书院对清波，破壁残碑半女萝。颇爱隔邻亭榭胜，画栏朱拱是云窝。”影射紫阳书院远远不及陈省寓居之画栏朱拱的云窝。陈省见诗后，笑着说：“是其启我乎！”即解囊鸠匠将紫阳书院修缮一新[清·董天工《武夷山志》卷十]。
明崇祯末年（1644年），陈黄门履贞又捐资修缮。清顺治十六年（1659年），崇安县令韩士望又予以修饰。次年春，大风拔木，文公祠圯毁，仅存二门。清康熙二十六年（1687年）官方再度加以修建，由康熙皇帝赐 予御笔“学达性天”匾额。康熙五十六年（1717年），闽浙总督觉罗满保捐俸重修。既立堂宇以祀朱子，复在堂后盖屋数椽，而以赵清献（北宋学者、崇安县第二任县令）、胡安国、刘子翚等附祀。建筑物至今已毁，仅留存两庑。原址现竖立有福建著名书法家沈觐寿撰并书的“武夷精舍遗址”六字及介绍文字的碑刻。
