医学院现设临床医学、中西医临床医学、护理学、药学等五个本科专业，临床医学专业设有妇产科学、助产学、皮肤病性病防治等三类辅修课程班，从2006年起，临床医学专业开始招收学制6年（含实习一年）的外国留学生，是经教育部批准的可招收纯英语教学海外留学生院校。设有中西医结合一级学科博士点，基础医学、临床医学、公共卫生与预防医学、药学、中药学、中西医结合、护理学等七个一级学科硕士点，以及临床医学（含全科医学、临床病理学、中西医结合）、中药学等硕士专业学位授予点。其中中西医结合一级学科为省级重点学科，消化科、神经内科、心脏内科、血液内科、妇产科、胸心外科、普外科、骨科、泌尿外科、麻醉科、医学影像科等十五个临床专科为省级重点临床专科。设有扬州大学中西医结合博士后科研流动站 。
医学院设有临床医学一系、临床医学二系、妇产科学与生殖医学系、中西医结合系、护理学系、药学系和基础医学部，拥有省级基础医学实验教学示范中心、中央与地方共建临床医学教学实验中心和药学综合教学实验室。建有苏北人民医院、扬州市第一人民医院等八所临床医学院；还有30余所教学实习医院。 在半个多世纪的办学历程中，我院遵循“坚苦自立”的校训，注重营造浓郁的学术氛围，强调学生的医学技能训练和品德修养，坚持将培养人才放在首位，以培养高层次、高素质人才为己任，先后向社会输送各类毕业生1万多人。培养了一大批为祖国医药卫生事业和社会进步作出了积极贡献的医学人才。学院毕业生以求知欲强，基础理论扎实，实践能力较强，作风朴实而受到用人单位好评，其中一大批成为医疗卫生行业的骨干力量。“双百”人物、全国优秀共产党员、劳动模范、白求恩奖章获得者、被誉为“白衣圣人”的吴登云同志，是学院优秀毕业生的杰出代表。
学院重视科学研究，近几年共承担国家高技术发展计划项目、 国家重点基础研究发展计划项目、国家自然科学基金项目、省重大招标项目等课题40多项，取得了一批高水平的科研成果，产生了显著的社会效益和经济效益。学院设有《实用临床医药杂志》编辑部，该杂志为全国公开发行的核心学术期刊，影响因子0.578，连续多年获教育部“中国高校优秀期刊奖”。
