长治市审计局设有多个职能科室，各司其职，确保审计工作的高效进行。
1. 办公室
负责政策研究与决策支持，起草重要审计报告和会议资料，保障会议顺利进行。
确保保密工作合规，管理机要文件，参与年度审计项目计划和审计统计。
负责机关财务与后勤管理，以及审计信息化建设，并负责本科室人员的廉政建设。
全面处理局领导交办的其他任务。
2. 财政审计科
审计市本级财政预算和县市区财政决算，指导县市区审计工作。
研究审计问题并制定相关制度，负责审计决定的审核。
组织专项审计和审计调查，为宏观决策提供依据。
负责本科室人员的政治思想和廉政管理。
3. 固定资产投资审计科
对政府投资项目预算执行和决算进行审计监督，检查委托审计质量。
指导县市区固定资产投资审计业务，审核审计项目质量。
负责本科室人员的行政管理和廉政建设。
4. 经济责任审计科
审计市直党政机关和国有企业领导人员的经济责任，指导县市区工作。
处理经济责任审计工作领导组办公室的部分事务，审核审计质量。
管理本科室人员的政治思想和廉政工作。
每个科室都致力于提升审计效能，确保审计工作的公正和透明。