苏州医学院拥有一系列先进的研究机构，致力于多领域的学术研究。首先，学院拥有江苏省血液研究所，聚焦于血液医学的前沿探索。此外，苏港合作苏州中药研究所致力于传统中药与现代医学的结合研究，为中医现代化贡献力量。
在生物技术领域，生化工程研究所与医学生物技术研究所联手，推动生物科技在临床实践中的应用。神经科学研究所则关注大脑和神经系统的科学研究，为神经疾病的防治提供理论支持。对于儿科医学，学院设有专门的儿科医学研究所，致力于儿童健康问题的研究与防治。
核医学研究所则关注放射性医学，器官移植中心和血液透析中心为患者提供高质量的治疗服务。肝病防治中心和介入治疗中心则在慢性疾病管理和微创手术技术方面发挥重要作用。心理卫生中心致力于精神健康的研究和公众教育，核事故医学应急中心则在突发公共卫生事件中发挥关键的应急响应作用。
临床药物监测中心确保药物的安全性和有效性，而创伤急救中心专注于急性伤病的救治。高级专家会诊中心集结了众多医疗专家，为疑难杂症的诊断和治疗提供高端服务。苏州医学院的研究机构阵容强大，全方位推动医学科研和临床实践的发展。