1. 办公室: 负责制定全县的卫生工作计划，规划卫生事业和资源分配，协助领导进行政策研究，协调机关工作。包括会议组织、文电管理、机要保密、信息处理、宣传报道、对外交流和安全保卫等工作。此外，办公室还负责医疗服务价格建议，卫生事业经费管理，以及直属单位的基建和改造监督，大型医用设备配置审批，以及财务管理和审计工作。同时，他们还负责卫生统计工作。
2. 医政股（加挂卫生法制与监督股牌子）: 主要负责医疗机构改革指导，包括设置规划、管理制度和服务标准的制定，医护人员执业标准的监督，医疗机构服务质量管理，血站和临床用血质量监管，以及医疗机构和境外医师的审批和管理。此外，该股还负责医疗事故处理、医疗广告审查和干部保健工作，以及卫生科技教育和卫生技术人员的继续教育规划。
3. 疾病控制股（加挂应急办牌子）: 负责传染病、地方病等疾病防治规划的制定和实施，疾病监测、疫情报告和信息系统管理。在突发公共卫生事件中，他们调度卫生技术力量，进行紧急处置，防止疫情蔓延。此外，股内还负责健康教育规划和突发公共卫生事件的预警与应急处理工作。
4. 人事股（党委办公室与其合署办公）: 主要负责全县卫生人才发展规划，卫生专业技术职务资格考试、认定和职称评审，机关及直属单位的人事管理、档案管理，知识分子工作，以及党务、纪检、政治思想教育、工青妇、计生、老干部等工作。