1.非条件反射是通过遗传获得的，生来就有的，而条件反射是后天形成的。2.非条件反射是具体事物（食物、针扎等）刺激引起的，而条件反射是由信号刺激引起的。信号刺激分成具体信号和抽象信号，具体信号如：声音、外形、颜色、气味等，抽象信号指语言、文字。
1、形成方式不同
非条件反射是不需要经过后天学习就存在的本能反应。条件反射是需要人后天的生活中不断获得的一种经验性行为。
2、神经联系不同
非条件反射是随着有机体的生长发育而出现，是外界刺激与有机体反应之间与生俱来的固定神经联系。而条件反射是发生在人大脑皮层中暂时性的神经联系，任何无关的联系的事物长期一起出现都有可能引起条件反射。
3、反射弧特点不同
非条件反射大多由由较低级的神经中枢（如脑干、脊髓）参与完成，而条件反射必须由高级神经中枢大脑皮层的参与才能完成。
4、引起反射的刺通结果不同
非条件反射是固定的，不会消退，条件反射是暂时的刺激，可以消退。