三峡工程的不良影响
（1）自然灾害
三峡水库库容极大，因此必然会增加库区地震的频率，由于三峡两岸山体下部未来长期处于浸泡之中，因此发生山体滑坡、塌方和泥石流的频率会有所增加，这将是三峡工程所能造成的主要地质灾害。
而工程支持者只考虑了地质的静态状况，没有考虑蓄水后可能带来的地质条件质变。
2007年，三峡库区平均气温较常年明显偏高，年降水量较常年偏多。
气象灾害频发，其中暴雨洪涝及其引发的滑坡、泥石流等地质灾害比较突出，地震活动仍维持在低强度水平。
暴雨洪涝：2007年4～9月，库区及其邻近地区降水表现出前多后少的特征，过程频繁，强度大，总量多，造成了严重的暴雨洪涝灾害。
4月1日和21日、6月29日、8月1～2日，9月27～28日，库区出现4次局地暴雨，5月23～24日、5月30～6月1日、6月16～23日、7月8～12日，7月16～20日，7月28～30日，出现6次区域性暴雨天气过程，引发了严重的暴雨洪涝灾害。
据不完全统计，5月23～24日库区出现的大范围强降水，造成重庆市彭水、奉节、涪陵、丰都等20个县（区）和湖北省团风、宜都、利川和神农架林区等4县（市、区）289.1万人受灾，死亡11人，农作物受灾面积11.3万公顷，直接经济损失6.73亿元。
7月17日重庆市铜梁、璧山、沙坪坝日降水量分别达到179.5毫米、258.0毫米和262.8毫米，均为有气象记录以来的最大值，其中沙坪坝日降水量为1892年以来的最大值。
特大暴雨导致山城重庆著名的红色旅游烈士墓景区——“渣滓洞”围墙倒塌，牢房冲毁，景区遭遇到建国以来的最大暴雨灾害。
地质灾害：专家称，三峡水库建成后，逐步淹没了大量地势低洼的山体，包括城市、集镇和村庄，长期浸泡使被淹的山体等发生松软并冲入了低洼的采矿采空区，这都会导致库岸坍塌、山体滑坡等。
此外，三峡水库每逢冬季蓄水、每逢夏季（汛期）放水，水库水位的周期性涨落，也对沿库地区造成压力，会诱发多种地质灾害。
2007年4～7月，强降雨过程致使库区及其邻近地区多次、持续发生山体滑坡、泥石流等地质灾害，因灾死亡10余人，直接经济损失上亿元。
4月滑坡、泥石流主要发生在重庆市彭水县、奉节县；5月发生在湖北恩施州巴东县清太坪镇和水布垭镇、宜昌市兴山县高阳镇、高桥乡和水月寺镇，恩施州建始县景阳段，重庆市彭水县汉葭镇，巴东县官渡口镇水布垭；6月发生在湖北五峰土家族自治县、巴东县清太坪镇、重庆市潼南县、彭水县、万州区等；7月发生在重庆市梁平县、潼南县。
6月22日仅几小时内五峰土家族自治县就发生较大规模滑坡118处。
雷击事件：2007年4～8月，库区及其邻近地区特别是重庆地区多次发生雷击事件，共造成21人死亡，灾害损失较往年偏重。
其中，4月1日重庆市垫江、綦江雷击事件造成5人死亡；5月23日重庆市开县义和镇兴业村小学雷击事件造成7名小学生死亡，重伤19人，轻伤25人。
大风、冰雹：2007年，库区及其邻近地区大风、冰雹等强对流天气频发，点多面广，时间跨度大，从春到夏接连发生，造成的灾害损失重于上年。
据统计，共50多个县次先后遭受了大风、冰雹等局地强对流天气袭击，造成3人死亡，230多万人受灾，房屋损毁8.3万多间，因灾经济损失超过3.8亿元。
大雾：2006/2007年冬季及深秋，库区西部大部地区频繁出现大雾天气，使高速公路、铁路、民航、河运等交通运输受到不同程度影响，给人们春节出行造成了不便，同时引发了重大交通事故，导致了空气质量下降，影响人体健康。
2月7日，湖北恩施州鹤峰县路段因阴雨和大雾发生一起16人死亡、16人受伤的特大交通事故。
11月9日，大雾封锁重庆机场，仅1小时就造成30个进出港航班延误，4个航班被迫取消，4000名旅客滞留机场；成渝高速、渝宜高速等8条高速路先后实施交通管制；水运朝天门三渡轮航线禁航4小时。
干旱：2007年，库区干旱总体较轻。
2006/2007年冬季，受上年夏季川渝特大高温干旱的后续影响，重庆市水库蓄水和稻田蓄水明显偏少、江河水位普遍在水位低值区徘徊、地下水急剧下降，重庆全市水利工程蓄水量不到历史同期应蓄水量的50%，全市有150万人、98万头大牲畜出现临时饮水困难，农作物受旱11.6万公顷，库区部分地区工农业生产和生活用水出现困难。
最近长江中下游地区遭遇50年来罕见干旱，让人们的聚焦点再次投注在三峡工程上。
5月18日，国务院常务会议讨论通过2009年就已开始启动编制的《三峡后续工作规划》。
（2）移民问题
移民是三峡工程最大的难点，在工程总投资中，用于移民安置的经费便占到了45%。
当三峡蓄水完成后，将会淹没129座城镇，其中包括万州、涪陵等两座中等城市和十多座小城市，会产生113万移民，在世界工程史上绝无仅有，并且如果库尾水位超出预计，还会再增加新的移民数量。
移民的安置主要通过就地后靠或者就近搬迁来解决，但后来发现，水库淹没了大量耕地，从而导致整个库区人多地少，生态环境趋于恶化，于是对农村人口又增加了一种移民方式，就是由 *** 安排，举家外迁至其他省份居住，目前已经有大约14万名库区移民迁到了上海、江苏、浙江、安徽、福建、江西、山东、湖北（库区外）、湖南、广东、重庆（库区外）、四川等省市生活。
三峡工程实行“开发性移民”模式，即在移民的同时，也伴随进行大规模的基础设施建造和产业建设，根本目的是要改善民众的生活水平。
其经费除了由三峡建设基金拨付外，三峡总公司在电站投产后的若干年内每年也要支付给地方 *** 一笔资金用于移民安置。
此外，国家还要求全国的二十一个省市，每个省对口支援三峡库区的一个县。
但目前的现状是，虽然移民城镇的基础建设较快，但是工业发展较差，大批搬迁的企业破产倒闭，库区整体呈现出一种产业空心化的状态，经济增长缓慢，失业率较高，并引发一系列社会问题，如导致数万人包围 *** 机关的“万州事件”。
（3）泥沙淤积和水位
由于有三门峡水电站的前车之鉴，因此泥沙问题始终是三峡工程技术讨论的重中之重。
据测算，长江上游江水每立方米含沙1.2千克左右，每年通过坝址的沙量在5亿吨以上。
在三峡工程未建前，这些泥沙大量淤积在曲折的荆江河段，抬高了河床水位，并危胁到整个江汉平原和洞庭湖平原的安危。
当三峡水库形成后，受水势变缓和库尾地区回水影响，泥沙必然会在水库内尤其是大坝和库尾（回水的影响）淤积。
工程的反对者如黄万里等认为，长江上游河流所携裹的除了泥沙，还有颗粒较大的鹅卵石，在三峡大坝筑起后将极难排出，会造成堵塞，并向上游延伸，进而影响重庆。
此后在2002年10月，国务院批准由三峡总公司承建长江上游干流金沙江上的乌东德、白鹤滩、溪洛渡和向家坝等四座巨型水电站，其建设目的之一就是为了分担三峡库区的泥沙淤积，减缓三峡库区的泥沙淤积速度，这也再度引起某些人们对三峡泥沙问题的担忧。
与泥沙淤积问题同样极具争议的，还有水位问题。
在三峡蓄水至135米后，有人发现从大坝到库尾之间的水位落差多达34.7米，远远超过了工程论证报告认为的0.4米，因此担忧重庆可能会在三峡完全蓄水后被淹没。
（4）名胜和文物影响
长江三峡是中国著名的风景名胜区，它起自重庆奉节县白帝城，蜿蜒约200千米至湖北宜昌南津关，由瞿塘峡、巫峡和西陵峡组成，沿途地形险峻，山川秀丽，古迹众多。
在水库满蓄水后，三峡的峡谷感将会受到一定程度削弱，由于旅游机构在1990年代广泛宣传了“告别三峡游”，使得人们普遍认为蓄水后的三峡景致不再，因此自2003年以来，三峡的旅游业便一落千丈。
三峡蓄水完成后，白鹤梁将永远淹没水中，文物部门已经在其周围建设了巨大的水下无压透明容器以方便游客观赏和学者研究，使之成为世界上第一座水下的博物馆。
地方 *** 还对千年古镇大昌镇和屈原祠等实行了整体搬迁，对原本的三面临水的白帝城实施原址保护，使之成为一座江中岛，而夔州古城（奉节县城）等无法搬迁保护的就只能永埋水底了。
（5）生态环境影响
三工程对环境和生态的影响非常广，其中对库区的影响最直接和显著，对长江流域也存在重大影响，甚至还有人认为三峡工程将会使得全球的气候和海洋环境发生重大变化。
库区人们对三峡工程影响环境的最大担忧来自于水库的污染。
目前三峡两岸城镇和游客的排放的污水和生活垃圾，都未经处理直接排入长江。
在蓄水后，由于水流静态化，污染物不能及时下泻而蓄积在水库中，因此已经造成了水质恶化和垃圾漂浮，并可能引发传染病，部分城镇已在其他水源采集生活用水。
同时大批移民开垦荒地，也加剧了水体污染，并产生水土流失的现象。
对此，当地 *** 正在大力兴建污水处理厂和垃圾填埋场以期解决污染问题，如果发现污染过于严重，也可能会采取大坝增加下泄流量来实现换水。
根据葛洲坝水电站的运行经验，三峡工程将会对周边生态造成严重的冲击。
因为有大坝阻隔，鱼类无法正常通过三峡，它们的生活习性和遗传等会发生变异。
三峡完全蓄水后将淹没560多种陆生珍稀植物，但它们中的绝大多数在淹没线以上也有分布，只有疏花水柏枝和荷叶铁线蕨两种完全在淹没线以下，现均已迁植。
三峡蓄水后，水域面积扩大，水的蒸发量上升，因此会造成附近地区日夜温差缩小，改变库区的气候环境。
由于水势和含沙量的变化，三峡还可能改变下游河段的河水流向和冲积程度，甚至可能会对东海产生一些影响，并进而改变全球的环境。
但是考虑到海洋的互通性，以及长江在三峡以下的一千多公里流程中还有湘江、汉江、赣江等多条重要支流的水量汇入，因此估计不会对全球海洋和气候环境造成较大的影响。
而且环境的变化是由多种可变因素交织形成的，极其复杂，所以也无法确定三峡工程对环境影响的明细程度。
三峡工程开建以来，澎溪河多次发生“浮萍和水葫芦疯长”的水污染事件。
秭归县地质灾害防治中心总工程师彭书林说，国内外学者的研究表明，大型水库建成后对周围库区的环境和生态会造成影响，通常认为这一影响会持续到20年左右才会稳定下来。
据此推断，未来10年，对三峡库区的地质灾害的监测和治理工作仍不能掉以轻心。
据《中国三峡工程报》报道，在2002年4月，三峡坝区气候反常，气温并没随夏季的到来逐渐上升，反而呈下降趋势。
4月末平均气温不足12摄氏度，4月中旬周边山区还出现较大范围的降雪，月内有3次降温过程，温差升降剧烈。
另外，4月份降水量为236.5毫米，破坝区近10年降水量最高纪录，破宜昌地区近118年同期降水量最高纪录，“三峡坝区天气复杂和剧烈变化程度为近50年同期所少见”。
三峡工程自一九九二年开工以来，针对工程建设可能对生态环境带来的不利影响，国家投资近四百亿元人民币对三峡库区及其上游水污染进行防治。
Ⅰ产生消落带
消落带，或称消落区，是水库特有的一种现象，是指水库正常蓄水位以下至防洪限制水位以上区域，因水库调度用于防洪而产生的临时性出露于水面的陆地。
三峡工程在完全建成后，冬季水位为175米，夏季防洪水位降至145米，其间30米水位落差暴露出的土地就是消落带。
据不完全统计，三峡库区消落带面积接近400平方公里。
消落带对于三峡水库生态环境的影响主要来自三个方面，周维说，其一由于没有植被覆盖，当夏季这部分土地 *** 出来时会给人“似荒漠化”的感观影响；其二冬天被水浸泡后沉淀的污泥和垃圾在夏季有可能产生异臭，滋生病菌和寄生虫，对水体会造成一定的影响；其三由于这部分土地无植被覆盖，对农业生产产生的面源污染处理能力降低。
Ⅱ珍稀生物
日前在位于湖北宜昌的中华鲟研究所，记者看到人工繁育的中华鲟幸福地“生活”着。
有关专家介绍，三峡工程建设会对当地陆生动植物和水生动植物有一些影响，库区陆生脊椎动物有一级保护动物4种，二级保护动物22种。
受三峡水库影响的陆生植物物种较多，涉及120科358属550种。
世界自然基金会和世界资源研究所在其合编的《水坝与生态系统的未来》报告中提到，水坝建设威胁淡水生态系统，全球有21条河流及其流域生态严重退化，中国长江流域排名第一。
长久以来，长江是陆地和淡水生物多样性中心，拥有322种鱼类和169种两栖动物。
由于水坝的影响，包括中华鳄、中华鲟、江豚、白鹤等被世界自然保护联盟列为极度濒危的动物处境都非常危险。
华东师范大学河口研究所教授陆健健透露，1980年代中期，长江口能观测到的水生底栖动物共有126种，到2002年，能观测到的只剩下52种。
大量有机物被带入东海，使得近年来中国舟山群岛附近海域大面积的赤潮频繁暴发。