1、院长：吕建。
2、常务副院长：许钧。
3、副院长：朱俊杰朱易然（苏州研究生院）。
4、院长助理：张巧林。
5、综合办公室：主任：张巧林，成员：马曦。
6、招生办公室主任：陈谦，副主任：李松，成员：陆国平边鹤华赵仁铃。
7、培养办公室主任：卞清。
南京大学是我国最早的招收并培养研究生的综合性大学，前身是国立中央大学和金陵大学。新中国成立以后，南京大学于1954年恢复研究生招生。1978年，南京大学又一次成为全国首批恢复招收研究生的高校之一。在1995年初由国务院学位委员会办公室和国家教育委员会对全国33所研究生院综合评估后被批准正式成立南京大学研究生院。
截至2019年3月，南京大学有仙林、鼓楼、浦口、苏州四个校区；设有31个直属院系，88个本科专业；有“双一流”建设学科15个；有博士后流动站38个，博士学位授权一级学科38个，专业博士学位授权点1个，硕士学位授权一级学科8个，专业硕士学位授权点25个；有教职工4647人；各类学生总计56068人。