两所大学各有各的特点，评价好与不好是和个人的观点和角度不同的，下面介绍一下二者的主要区别：
一、学校历史不同
1、重庆大学
重庆大学于1929年由刘湘创办。1935年被批准为省立大学。1942年更名为国立重庆大学。1942年，学校成为一所文理工商法医诸学科俱备的综合性大学。1952年全国院系调整后，学校成为国家高教部直属的、以工科为主的多科性大学。1960年被确定为全国重点大学。1996年成为国家“211工程”重点建设高校，1999年列入国家“985工程”重点建设高校。2000年5月，原重庆建筑大学、重庆建筑高等专科学校与重庆大学合并组建为新的重庆大学。
2、吉林大学
始建于1946年，1952年经院系调整成为建国后中国共产党亲手创建的第一所综合性大学，1960年被国务院列为国家重点大学。2000年，原吉林大学、吉林工业大学、白求恩医科大学、长春科技大学、长春邮电学院合并组建新吉林大学。
二、学校规模不同
1、重庆大学
截至2020年，校园占地面积5200余亩，有A、B、C、虎溪四个校区，校舍建筑面积近170万平方米，在校学生48000余人。
2、吉林大学
截至2020年，学校6个校区7个校园占地611万多平方米，建筑面积276万平方米，下设46个学院，有教师6624人，在校全日制学生72376人。
三、院系设置不同
1、重庆大学
7个学部、36个二级学院。
2、吉林大学
法学院、文学院、数学学院、汽车工程学院、环境与资源学院等46个学院。
四、学校特色不同
1、重庆大学
985工程（1999年）、211工程（1996年）、世界一流大学建设高校（A类）（2017年）、全国重点大学（1960年）、教育部、重庆市共建高校（2001年） 、教育部、国防科工局共建高校（2012年） 、2011计划（2014年）、卓越工程师教育培养计划（2010年）、卓越法律人才教育培养计划（2014年）。
2、吉林大学
双一流（世界一流大学A类建设高校）、985工程、211工程、21世纪学术联盟、中俄交通大学联盟
、珠峰计划、111计划、2011计划、全国重点大学、卓越计划、强基计划试点高校。
参考资料来源：百度百科-重庆大学
参考资料来源：百度百科-吉林大学