1906年，英国伦敦会与英美其他五个教会合作开办了协和医学堂，为协和医学院的前身。
名为Union，即联合之意，被雅致地译成中文，称作协和。
1915年，洛克菲勒基金会收购协和医学堂。
随后，洛克菲勒基金会投入资金进行新校建设。
1916年，负责设计协和建筑的柯立芝来华考察豫王府，决定设计建造一座中西合璧的有着宫殿式外观的校园和医院群建筑。
1917年9月由美国洛克菲勒基金会帮助建立北京协和医学院，开办医预科，附属医院为北京协和医院。
首任校长为Franklin C.McLean。
1941年太平洋战争爆发后，美日处于战争状态，其医学院、医院和护士学校相继停办。
1942年初，协和医学院被日军占领而被迫关闭。
1945年日本投降后，中华医学基金会与协和医学院校董事会派代表从日军手中收回全部校产，重建协和医学院，并于1947年10月第一次复校。
1949年9月复称北京协和医学院。
新中国成立后，该校由中央人民 *** 接管。
2002年9月教育部、卫生部签署共建“清华大学北京协和医学院”协议。
2006年9月5日，教育部、卫生部共建“北京协和医学院-清华大学医学部”大会暨揭牌仪式举行。
北京协和医学院由中国教育部和卫生部双重领导，与中国医学科学院实行院校合一的管理体制。
北京协和医学院是中华人民共和国国家卫生健康委员会直属的唯一一所重点医科大学，与中国医学科学院院校一体，是中国国家级医学科学学术中心和综合性科学研究机构。
“卓越医生教育培养计划”试点高校，是国家首批世界一流学科建设高校。
北京协和医学院由美国洛克菲勒基金会于1917年捐资创办，1919年10月开办八年制医学本科，是我国最早设有八年制临床医学专业和护理本科教育的医学院校，被誉为中国医学殿堂。