云南财经大学高等职业技术学院的建立历程可以追溯至1950年3月，当时共产党接管国民党财政厅后，为满足亟需大量财政会计管理人才的需求，成立了财政干部训练班，培训了约400名干部。
1951年初，训练班更名为云南省财政干部学校，并正式启用印章。同年，财政厅决定由副厅长翟昌宗同志兼任校长。紧接着，云南省陆续成立了商业、粮食、供销、银行四所干部学校，加上财政干部学校，形成了五所小干校。
1958年底，五所财贸系统干校合并为云南省财贸干部学校，即大干校。1964年，中共云南省委决定恢复商业、合作、财政、银行四所专业干校，分别由相关厅局主管。然而，在“文化大革命”期间，干校遭受破坏，直到1973年，粮食、商业和财政金融干校得以恢复。
1978年，这三所干校再次合并，成立了云南财贸干部学校，成为局一级单位，由省委财贸政治部领导。1979年，财贸干部学校开始招收大专生，为创办本科院校做准备。1981年，国务院教育部批准云南财贸学院成立，成为本科高等学院，受云南省领导。
云南经济管理干部学院的前身是1979年成立的云南省工业干部学校，1983年更名为现在的学院名。1998年，云南经济管理干部学院与云南财贸学院合并，成立了新的云南财贸学院，1999年2月正式成立。
2006年2月，教育部批准云南财贸学院更名为云南财经大学，标志着学院教育的进一步发展和提升。
云南财经大学高等职业技术学院成立于1997年，直属于云南财经大学，是学校（相对独立）的二级办学单位，负责开展学校的高等职业教育。学院于1997年率先在云南试点招收高职生，1998年正式招生，2000年通过云南省办学资质评估。办学八年来，已先后向社会输送了3000余名合格毕业生，受到用人单位的普遍欢迎。学院地处昆明市西郊黄土坡昆瑞路202号，占地90余亩，校舍建筑面积45000余平方米。目前高职院以本省生源为主，并面向四川、重庆、湖南、湖北、江西、海南等省对等招生，在校生规模达到1500余人